平次與和葉為代替母親參加朋友的婚禮而來(lái)到東京，就在大家一起游覽東京的時(shí)候，與即將舉行婚禮的森園家的管家重松相遇，在他的要請(qǐng)下，柯南一行人來(lái)到森園家，不幸的是，重松當(dāng)晚不知被何人在密室所殺，事情還沒(méi)有一個(gè)結(jié)果，大批媒體卻蜂擁而至，警方也趕來(lái)介入調(diào)查，這時(shí)，和葉發(fā)現(xiàn)片桐風(fēng)和櫻庭帶著同樣的墜子。

柯南注意到恐怖妖怪的頭上分別有「R」「L」「N」三個(gè)字母，并將數(shù)字時(shí)鐘上被劃痕分開(kāi)的11：0結(jié)合起來(lái)，解開(kāi)了屋內(nèi)的謎題，在他的提醒下，小五郎也逐漸的明白了這些暗號(hào)的含義，到了夜晚，大家按照屋主留下的暗號(hào)，再次回到了鴿子時(shí)鐘下面，讓他們驚訝的是這次從時(shí)鐘里出現(xiàn)的不是妖怪而是……

少年偵探團(tuán)因成功抓捕強(qiáng)盜而大出風(fēng)頭，某日，大家一起外出的時(shí)候，步美被一輛急駛而過(guò)的紅色轎車(chē)撞傷，柯南用滑板載著光彥和元太一起去追肇事車(chē)輛，奇怪的是，每到轉(zhuǎn)角車(chē)子都會(huì)停下來(lái)，好像故意等他們一樣，當(dāng)柯南等人追到石倉(cāng)工廠時(shí)，車(chē)子不見(jiàn)蹤影，之后，車(chē)子有突然出現(xiàn)并一路駛向警察局，沒(méi)過(guò)得多久，柯南等人得知石倉(cāng)工廠發(fā)生了命案……

貴和子的未婚夫雅彥打來(lái)電話希望朋友們可以把保險(xiǎn)證送到醫(yī)院，于是，一群人便驅(qū)車(chē)趕往醫(yī)院，途中柯南從小蘭和她媽媽妃英理的談話中得到啟示，趕到醫(yī)院時(shí)貴和子還沒(méi)有脫離危險(xiǎn)，柯南麻醉小五郎后，讓大家來(lái)到院長(zhǎng)室將整個(gè)案件的來(lái)龍去脈詳細(xì)分析，并找出了蓄意謀害貴和子的兇手。

小五郎和朋友分開(kāi)，一個(gè)人醉醺醺的在街上游蕩時(shí)，碰到了有過(guò)幾面之緣的佐知子，她邀請(qǐng)小五郎和她一起兜風(fēng)，之后，小五郎在送佐知子回到家時(shí)，發(fā)現(xiàn)她的室友和美被殺，最有可能的人就是佐知子，但是她當(dāng)時(shí)和小五郎在一起，有充分的不在場(chǎng)證明，那么到底是時(shí)間的錯(cuò)亂？還是兇手另有其人？