大和警官和柯南等人立刻找到剩下的三個(gè)嫌疑人展開(kāi)詢問(wèn)，可是每個(gè)人都有不在案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)的證明，與此同時(shí)，只身一人在公館思考赤壁之謎的高明遭到了兇手的襲擊，在失去意識(shí)之前他向大和傳了一條“孔明之死”的訊息，當(dāng)柯南他們趕到公館后這里已是熊熊大火，所幸上原由衣及時(shí)將高明救出，把他送到醫(yī)院的時(shí)候，小蘭對(duì)醫(yī)生們不同顏色的衣服表示好奇，而這個(gè)問(wèn)題正好給了柯南和大和提示，讓他們破解了赤壁之謎！

柯南、小五郎陪園子和小蘭逛街的時(shí)候，在公園的廁所里發(fā)現(xiàn)了一具被不明人士勒斃的女尸，身穿流行哥特蘿莉裝的被害者名叫久瀨，柯南他們之前曾在新宿的咖啡廳與她有過(guò)一面之緣，她當(dāng)時(shí)只在座位上坐了一下什么也沒(méi)點(diǎn)就去了店外的廁所，之后與她約見(jiàn)的朋友莊堂來(lái)到店里，但久瀨卻再也沒(méi)有出現(xiàn)。雖然柯南他們懷疑莊堂就是兇手，但她卻有完美的不在場(chǎng)證明。

前往海邊釣魚(yú)的柯南等人，在和代替阿笠博士來(lái)迎接他們的沖矢昴一起回去的路上，順道去了有著神奇?zhèn)髡f(shuō)的一角巖參觀，在這里大伙兒看到巖石上面刻著“青魚(yú)、鯉魚(yú)、鯛魚(yú)和比目魚(yú)”四種魚(yú)名并且還發(fā)現(xiàn)了一名身穿潛水服的女性遺體，雖然狀似意外脫水而亡但這卻瞞不過(guò)柯南的眼睛，根據(jù)口紅和調(diào)節(jié)器他推斷出這是一起殺人事件。

意外的是門把上留下的指紋竟然是諸伏高明警官的部下，為找尋更多線索，大和刻意讓柯南跟著高明警官去曾經(jīng)住在別館里的翠川尚樹(shù)、山吹紹二、百瀨卓人和直木司郎家進(jìn)行詢問(wèn)，高明警官謊稱在門把上檢驗(yàn)出他們的指紋來(lái)觀察他們的反應(yīng)，不所料直木司郎聽(tīng)說(shuō)了這件事之后神色緊張，就在大家以為他是兇手，準(zhǔn)備進(jìn)一步進(jìn)行調(diào)查時(shí)，直木司郎被人殺死，而他家里的其中一面墻壁被涂成了紅色。

對(duì)時(shí)鐘狂熱的保科琉璍子在自己的身日宴會(huì)上被刺身亡。在調(diào)查來(lái)賓是古垣透露出犯人肯能是個(gè)胖子的證詞，而在調(diào)查了所有客人后并沒(méi)有發(fā)現(xiàn)符合猜想的嫌疑人。在聽(tīng)到大時(shí)鐘的零點(diǎn)報(bào)時(shí)后柯南發(fā)現(xiàn)了犯人利用報(bào)時(shí)的大時(shí)鐘的殺人手法和兇手的身份。兇手最終承認(rèn)了因?yàn)闉楹糜褕?bào)仇而殺人的事實(shí)。