柯南和伙伴們去美術館時撿到了一張畫有奇怪符號的紙，大家自行成立少年偵探團去調查這些暗號，按照符號的指示先到達東京塔，在周圍展開偵查卻一無所獲，休息的時候步美的新發現為柯南找到破解暗號的出口，大家一路尋找從東京鐵塔到南部水族館的標記，然而，事情并非那樣順利，柯南能破解暗號嗎？暗中跟蹤少年偵探團的黑衣人又是誰？

阿笠博士帶少年偵探團來到野外，并交給他們一張地圖讓他們去尋找寶藏，路上困難重重，但大家不畏艱險互相扶持，終于接近終點，柯南解開天之水與天之石的暗語，順利找到了藏有寶物的底下通道，這里有兩大袋珠寶，然而在途中碰到過的兩個行跡可疑的男人突然出現，柯南采用智斗將他們打到后，又發現了一個大木箱，這才是阿笠博士想讓他們找到的寶藏。

在酒店吃飯時，一個神色不安的人引起柯南的注意，柯南等人暗中跟蹤并進一步詢問得知，此人名叫遠藤，他的兒子被人綁架，為保兒子安全而沒有報警，小五郎決定幫他。次日，犯人打來電話要錢，遠藤聽到了兒子說有螃蟹和鯨魚，這是找到犯人據點的唯一線索，小蘭、柯南和小五郎走街串巷的找有螃蟹和鯨魚的地方，柯南想起了漏掉的線索，順利找到有「螃蟹和鯨魚」的地方，將人質解救。

簱本家族的人聚在餐廳斷定兇手就是小武 ，就在長女麻理子擔心去廁所遲遲未歸的兒子一郎時，游輪突然停電，隨之而來的是一郎的慘叫，在黑暗中他被兇手刺傷了腿，小五郎在電源室發現這是有人蓄意的斷電，他立刻命所有人留在餐廳，自己和柯南，小蘭尋找線索，迷霧漸漸撥開，兇手真的是突然消失的小武嗎？

小五郎參加電影《死神陣內》試映會時，主演南條的太太拜托他幫忙處理最近收到的恐嚇信，但南條卻不以為然。夜晚各家媒體守在南條公司下等待死神陣內的出現，可沒想到死神真的出現了，在大家追死神的時候，南條被殺，警方在兇案現場發現了許多黑色絕緣膠帶，一波未平一波又起，去六樓的南條經理人吉野遭到槍襲，大家都認為電臺導演大野嫌疑最大，但大野卻說有一個人比他更有殺人動機。