與黑色組織面對面 滿月之夜的兩起神秘事件(之二)灰原一人在家等新出醫(yī)生接她看病的時候，茱蒂老師居然出現(xiàn)在門外。另一邊，幽靈船上的宴會剛開始，船長就被不明人士用十字弓射殺，而在他的胸前還出現(xiàn)了一張惡魔牌，在對工作人員進(jìn)行詢問之后，小五郎認(rèn)為兇手就是與自己一組的但將惡魔牌遺失的木乃伊，以此同時，和小五郎同組的隱形人獨自一人展開了調(diào)查，并且還發(fā)現(xiàn)了不少線索，他利用廣播將船艙內(nèi)的客人叫的甲板，在揭秘兇手及其犯案手法之前，他拆掉了自己的偽裝……

柯南和阿笠博士從板倉的日記磁片中果然找到了他與黑暗組織接觸過的線索，這讓柯南興奮不已，于是兩人立馬趕往板倉的別墅，企圖找到板倉所開發(fā)的系統(tǒng)軟體和黑衣組織發(fā)來的郵件，然而，讓他們沒想到的是，郵件竟然有密碼，如果在一定時間內(nèi)沒有打開，郵件將自動刪除，而這將引起黑衣組織的懷疑，這時，屋內(nèi)的電話響起，從另一邊傳來沃克質(zhì)疑的聲音，柯南和阿笠博士該如何應(yīng)對？

但是覆面角斗士狼人的對手永瀨豹太在休息室被發(fā)現(xiàn)。從犯罪時拍攝下來的錄像帶里目暮警部判定以狼人、牛込嚴(yán)、佐熊浩之、野狼4名角斗士為嫌疑犯進(jìn)行詢問。另一方面，柯南看到錄像帶里拍到的犯人的后腦，注意到不自然的地方并由此推斷出了兇手的真實身份。而正因為對于面具的不適應(yīng)暴露了兇手的真實身份。錄影帶里的證據(jù)面前兇手最終承認(rèn)自己的罪行。

柯南、小蘭、小五郎在吃完法國料理后回家的路上，碰巧看到了在西須三田車站的吵架現(xiàn)場。而之后那個中年男子在爭斗中從站臺掉下下去當(dāng)場死亡。根據(jù)目擊者以及當(dāng)事人的證詞警方都認(rèn)定是意外，但只有柯南注意到了隱藏在意外背后的不自然的地方，而在調(diào)查了犯罪現(xiàn)場后柯南終于揭開了案件的真相。而兇手也承認(rèn)了因為女朋友遇到車禍而報復(fù)殺人的事實。

柯南和小蘭跟著小五郎來到關(guān)門海峽，還在這里認(rèn)識四個高中時代就是同學(xué)的年輕人，沒想到第二天，他們的另外一名高中同學(xué)真尾被人發(fā)現(xiàn)橫尸關(guān)門橋下，起初警方懷疑兇手就在與死者見過面的那四名同學(xué)中，然而他們都有不在場證明，偵訊過后四個人都擺脫了嫌疑，但柯南卻發(fā)現(xiàn)了破綻。