柯南去看望同學(xué)片岡純，結(jié)果被人誤認(rèn)為是純而遭到綁架。很快，綁架犯吉澤正向純的父親片岡茂電話要求贖金3千萬圓。并且指名交付贖金的必須是片岡的再婚的對方江崎幸子。吉澤在公園得到放有幸子送去的贖金的蜂蜜便當(dāng)，乘輕四輪車逃走。但是，在警察的追蹤中，車子突然消失在隧道里！

警方對鱒渕進(jìn)行偵訊，而當(dāng)時他卻并沒有不在場證明并且之前他曾與船木發(fā)生過爭吵，所以警方認(rèn)定他就是兇手。另一邊，少年偵探隊(duì)也展開了調(diào)查，柯南注意到來往這里火車，認(rèn)為發(fā)現(xiàn)尸體的地方并不是案發(fā)的第一現(xiàn)場，于是大家順著軌道，找到了船木的照相機(jī)，并且從附近警衛(wèi)的口中得知鲇川也曾來過大橋，可是，如果兇手真的是她，那她殺害船木的動機(jī)以及她的手法到底是什么？

參加網(wǎng)球比賽的柯南他們來到熊本縣。市內(nèi)觀光的途中，園子撿到一部手機(jī)。手機(jī)的畫面上是“想要遇見那個孩子”的短信。園子與小蘭得到與園子同名女子的戀人的幫助，帶著手機(jī)出現(xiàn)在咖啡店。小蘭無意中聽到兩人的危險談話被綁架，而在小蘭打來的電話中柯南他們開始進(jìn)行調(diào)查決心已定要組織這場謀殺！

平次，葉子終于安全到達(dá)小五郎的事務(wù)所，五人在吃飯的時候說道最近都內(nèi)發(fā)生了連續(xù)發(fā)火事件，現(xiàn)場總會留下紅色的馬的人偶。次日，柯南等人造訪委托他們的諸角宅邸后亮子也以可能是自己多疑了為由放棄了委托。而在柯南他們監(jiān)視的過程中遇到了風(fēng)水師曾我和亮子的沖突。就在柯南眾人回去之后又再次發(fā)生了火災(zāi)而地點(diǎn)正是亮子的住處。

少年偵探隊(duì)為了看電影假面劍客的試映會，在有希子的帶領(lǐng)下來到東都現(xiàn)象所，可是由于某些原因，預(yù)定的試映時間必須向后延長，而有希子又要趕搭飛機(jī)先行離開，因此柯南等人就暫時留宿穗島先生家，沒想到的是在客廳沙發(fā)上睡覺的古村先生被不明人士用刀子刺向了心臟，當(dāng)場身亡。