步美發(fā)現(xiàn)圖書館的書被人撕掉了一頁，氣憤的她決定找出“元兇”，根據(jù)借書卡的記載，柯南和步美找到了內(nèi)藤司，可他今天卻沒上課，與此同時(shí)，學(xué)校的巖石標(biāo)本也人被偷偷走，柯南認(rèn)為這可能是司所為，于是找到了他家，在查看了司的房間后，他們發(fā)現(xiàn)了一張寫有暗號(hào)的字條，少年偵探團(tuán)集結(jié)智慧，終于在大濱海灘找到了想要喚回逝去母親的司。

赤井秀一按照約定來到會(huì)面地點(diǎn)，水無憐奈也早已等候在那里，她拔槍直接射穿秀一的肺部，之后又按照今恩的指示朝他的頭開槍，這時(shí)，巡邏警車趕來，水無憐奈在留下一枚炸彈后匆忙離開。當(dāng)FBI得知消息后，爆炸的車內(nèi)只剩下一具燒焦的尸體，在不暴露秀一身份的情況下，茱蒂確認(rèn)了那具尸體確實(shí)是赤井秀一，雖然損失巨大，卻保住了水無憐奈。

少年偵探團(tuán)、灰原與柯南等人發(fā)現(xiàn)小說家萬田年久的弟子原本高平在家中遇害。目暮調(diào)查了死亡推定時(shí)間內(nèi)的不在場(chǎng)證明。萬田說他從昨晚起一直把自己關(guān)在旅館的房間內(nèi)、案發(fā)時(shí)也沒出過房間。高木發(fā)現(xiàn)旅館和原本家確實(shí)很近。可是，島木說自己確實(shí)在旅館的候梯廳等萬田，而萬田的貓最終暴露了他犯罪的事實(shí)。而最終萬田也承認(rèn)了自己的罪行。

服部平次vs工藤新一 滑雪場(chǎng)的推理對(duì)決(上集)2平次和柯南打電話的時(shí)候，講起了自己在初中時(shí)期遇到的一個(gè)未曾謀面的勁敵。當(dāng)時(shí)，平次和同學(xué)們一起來山里滑雪，不想遇見一起命案，而死者正是著名演員箕輪獎(jiǎng)兵，這起案件與四年前曾在這里發(fā)生過的命案極其相似，受害者都是死在纜車上并且身邊的背包里全是雪。在調(diào)查過程中，服部總會(huì)從別人口中聽到一個(gè)同樣參與破案的初中生，而這個(gè)人正是工藤新一，服部不由和這個(gè)“隱形”對(duì)手較起了勁。

柯南在和大家一起吃壽司的時(shí)候?qū)⑿∥謇陕樽恚?dāng)面戳穿了前來領(lǐng)獎(jiǎng)的兩名冒牌貨，幫胡桃找到了記憶中的少年。雖然這件事情成功解決，但是十五年前的連續(xù)殺人案卻依舊找不到眉目，案件將在三天后失效，可目前追查兇手的線索卻只有有兩條。在柯南一行人去步美家玩的時(shí)候，灰原說自己在這棟公寓里遇見了一個(gè)穿著大衣吹著口哨的男人，難道十五年前的殺人兇手出現(xiàn)了？