對三天后即將失效的殺人案兇手不斷發(fā)出挑釁言論的犯罪心理學家平棟堂次，在自己家中遭到殺害，兇手在他的背上刻下了Z字型傷痕。為找尋更多的線索，柯南等人跟著高木警官來到了二十年前的受害人家中詢問相關(guān)案情，雖然只得到了零星線索，但柯南卻將它們串聯(lián)起來并發(fā)現(xiàn)了共同點，那就是這四名被害者或許是一起打麻將的牌友，于是，高木和柯南等人決定順藤摸瓜，逐一調(diào)查他們可能去過的麻將館。

柯南等人急匆匆的跑去米花公園的池塘里看被人丟棄的咬人龜，期間，他們遇見一個冒牌飼主二本松，雖被識破但他還是用花言巧語騙過了光彥等人，可讓他沒想到的是池塘里居然會冒出四只咬人龜，不知出于什么目的，他決定全部收養(yǎng)，柯南覺得二本松的行為很可疑，于是就暗中進行調(diào)查，發(fā)現(xiàn)他與一起搶劫案有關(guān)，可他為什么要領(lǐng)養(yǎng)咬人龜？

根據(jù)死者身上殘留的余溫，新一和服部推斷出兇手就在這附近，他們借用偶然碰見的高木警官的權(quán)力封鎖了收費站，并且很快將犯人鎖定在三個人身上，之后，他們又在死者的車窗上發(fā)現(xiàn)了兩個小孔，這無疑是揪出兇手的關(guān)鍵性線索，然而，灰原給新一的藥即將失效，新一該如何應對？小蘭一直吞吞吐吐想要告訴他的話又是什么？

少年偵探團聽同學說她們家的房客中有一個十分刻板且循規(guī)蹈矩的男人，尤其是遇上亂扔垃圾的人就會對他們訓斥一番，出于好奇，柯南他們便前去見這個叫巖田的先生。沒想到三天之后，巖田居然去警局自首說自己失手殺人，雖然是正當防衛(wèi)不予追究，但警察還是對巖田的生活以及他的朋友等人進行了調(diào)查，卻發(fā)現(xiàn)事情并不像他描述的那么簡單。

小五郎，蘭，柯南一行人受到虎田直信的委托，負責調(diào)查他的兒子義郎離奇死亡的案件，與此同時，服部在虎田的死對頭龍尾家調(diào)查他兒子康司的死亡，與義郎相同，康司的尸體旁也擺放了一只死蜈蚣。當晚，和葉和小蘭看到了身著鎧甲的戰(zhàn)敗武士的影子，得知此事后，龍尾家的綾華神大驚失色跑了出去，而發(fā)現(xiàn)她的時候，她已經(jīng)被吊死在一顆樹上，腳下同樣出現(xiàn)了一只死蜈蚣。