茂木認(rèn)為小五郎是兇手而開(kāi)槍將他射傷，當(dāng)前來(lái)“黃昏別館”的所有名偵探都命喪黃泉時(shí)，電腦上居然出現(xiàn)了一行關(guān)于寶藏的信息，一直躲在監(jiān)視器操控室的神秘幕后黑手終于按捺不住露出了真面目，沒(méi)想到這個(gè)人居然是……柯南引導(dǎo)她說(shuō)出了整件事的真相，而這時(shí)，本應(yīng)死去的偵探們居然都出現(xiàn)在門口，可到底是怎么回事？這棟別墅的寶藏又是什么？

少年偵探團(tuán)在超市里玩從收銀條上的物品名稱猜晚飯的菜名的游戲。其中發(fā)現(xiàn)了可疑的收銀條，柯南她們開(kāi)始尋找買這些東西的人，想要阻止他。通過(guò)分頭尋找自行車燈少年偵探團(tuán)的成員們最終找到了犯人，但中途卻失去了犯人的行蹤。在元太無(wú)意的提醒下，柯南他們抓到犯人現(xiàn)行。最終柯南用腳力增強(qiáng)鞋制服了犯人。

柯南等人循著灰原留下的記號(hào)一路尋找，因?yàn)閮词志驮谕械娜C人之中，灰原和光彥就在大樹(shù)下面留下一些散落的蘑菇作為暗號(hào)，躲在叢林里期望柯南能有所行動(dòng)制服兇手。柯南果然不負(fù)眾望，破解了灰原留下的暗號(hào)，正準(zhǔn)備麻醉兇手時(shí)，卻又有所猶豫，并大聲喊出了灰原和光彥，柯南到底有何用意？

園子和小蘭差點(diǎn)被車撞了，由此認(rèn)識(shí)了那個(gè)司機(jī)吉野千惠。千惠抱怨最近老是頭昏，頭痛。而她的丈夫卻沒(méi)有提醒小心路上斷層的事情才導(dǎo)致了之前的驚險(xiǎn)。小蘭總覺(jué)得千惠丈夫的態(tài)度有些奇怪。在拜訪千惠家的時(shí)候小蘭她們得知千惠的丈夫?yàn)樗?gòu)買了一千萬(wàn)日元的保險(xiǎn)，疑團(tuán)逐漸增多。經(jīng)過(guò)調(diào)查，千惠丈夫的意圖最終暴露出來(lái)。

小五郎帶著小蘭、柯南應(yīng)邀去參加精通葡萄酒的日下的宴會(huì)，那里還邀請(qǐng)了眾多葡萄酒愛(ài)好者。但是去酒窖里取珍藏已久的葡萄酒的日下卻始終沒(méi)有回來(lái)。小五郎和日向夫人前往酒窖看看狀況時(shí)才發(fā)現(xiàn)日向已經(jīng)被殺害。柯南無(wú)意發(fā)現(xiàn)了地上的刻意痕跡推理出兇手的犯罪手法。另一方面警官調(diào)查后門確認(rèn)無(wú)法盜用鑰匙進(jìn)入。而在高木警官的親身試驗(yàn)后“沉睡的小五郎”道出了兇手的犯罪手法并指出了手絹上酒漬的證據(jù)。