妖怪倉庫是把貴重的物品放進(jìn)里面就會立刻消失的倉庫，少年偵探團(tuán)為了弄清真相決定一探究竟，元太他們?yōu)榱俗尶履下冻鰺o話可說的表情而干勁滿滿。在調(diào)查了倉庫內(nèi)部之后，柯南只看到了地板上留下的零星腳印和嵌在墻上的大算盤，除此之外別無他物。但從外面的天窗向里面看的話，就能看到堆積如山的寶物，可意外的是當(dāng)再次打開倉庫的門時，里面的寶物就全都消失不見，柯南提出的天花板和地板機(jī)關(guān)的猜想被光彥等人否認(rèn)，難道妖怪倉庫真的存在？

這三輛白色FD的后備箱中分別放置了釣魚桿、高爾夫球袋和橡皮艇，就在警方準(zhǔn)備進(jìn)一步調(diào)查時，曾經(jīng)與銀白魔女有過一面之緣的山村警官的奶奶否認(rèn)了銀白魔女就在他們其中，雖然沒能找到魔女，但柯南卻注意到有一組車手的供詞中有疑點，于是，他和小五郎再次駛向霧蒙蒙的冬名山，而魔女的白色FD也再次出現(xiàn)，這一次他們能成功狩獵魔女嗎？

柯南并沒有從步美找到的照片中發(fā)現(xiàn)重要的線索，便將破案的關(guān)鍵再次鎖定日記，仔細(xì)反復(fù)查看之后，柯南發(fā)現(xiàn)了其中的端倪，于是，他再次來到琴房確認(rèn)自己的發(fā)現(xiàn)，沒想到步美等人放在門口的背包不翼而飛，而且大家還注意到了鋼琴旁邊凳子的變化，一切如柯南所料，他讓步美、元太和光彥等人高唱歡快的歌曲，果然將躲在黑暗中悄悄觀察他們的人揪了出來。

這個安置炸彈引起恐慌的不是別人，正是扮演無辜公民的綁著炸彈的那個男人，柯南不僅揭穿了他的身份還將他曾經(jīng)殺人的事情公之于眾，案件圓滿解決之后，柯南看到了不不明人士傳給小五郎的推理簡訊，根據(jù)目擊者所說傳簡訊的那人很可能就是面帶傷疤的赤井秀一，待柯南追出去的時候發(fā)現(xiàn)赤井已經(jīng)離開了大廈，而蓄意暗殺他的黑衣組織也因接到幕后老板的指示撤消了暗殺行動。

大家二次來到倉庫后發(fā)現(xiàn)了在門上方供奉著的神壇，而讓柯南更為好奇的是神壇對面的大算盤，這很可能是啟動機(jī)關(guān)的鑰匙，仔細(xì)觀察倉庫之后，柯南發(fā)現(xiàn)了其中的蹊蹺，他叫來警察與他一起根據(jù)灰塵的多少撥動算珠，果不其然，天花板漸漸向下移動，警察不僅在這里找到了被盜的寶物還抓住了偷盜者，案件結(jié)束后，柯南揪出了那個一直暗中幫助元太他們的“軍師”，而這個人正是……