竹內(nèi)先生因?yàn)檎厥绿右荻粰z察官拘留，可妃英理認(rèn)為竹內(nèi)既然是自首并主動(dòng)承認(rèn)罪行應(yīng)該有被保釋的權(quán)利，之后，柯南和小五郎經(jīng)過(guò)調(diào)查發(fā)現(xiàn)撞人的可能是竹內(nèi)的妻子，于是，妃英理以此為籌碼再次要求放人，可沒(méi)想到的是竹內(nèi)才被保釋出獄，他就在自家陽(yáng)臺(tái)跳樓自殺，而目擊證人正是九條檢察官，為探尋真相，柯南和小五郎重返案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)……

柯南等人急匆匆的跑去米花公園的池塘里看被人丟棄的咬人龜，期間，他們遇見(jiàn)一個(gè)冒牌飼主二本松，雖被識(shí)破但他還是用花言巧語(yǔ)騙過(guò)了光彥等人，可讓他沒(méi)想到的是池塘里居然會(huì)冒出四只咬人龜，不知出于什么目的，他決定全部收養(yǎng)，柯南覺(jué)得二本松的行為很可疑，于是就暗中進(jìn)行調(diào)查，發(fā)現(xiàn)他與一起搶劫案有關(guān)，可他為什么要領(lǐng)養(yǎng)咬人龜？

在屋內(nèi)調(diào)查的過(guò)程中，柯南發(fā)現(xiàn)了多處疑點(diǎn)，干凈的浴室、沒(méi)有插電的刮胡刀、消失的牙刷以及洗衣機(jī)內(nèi)的衣服，就在他苦思冥想到底誰(shuí)是兇手時(shí)，園子無(wú)意中的一句話提醒了他，原來(lái)榔頭男從一開(kāi)始就不存在，這不過(guò)是都市傳而已，就在目暮警官等人一頭霧水時(shí)，柯南將園子麻醉，利用變聲領(lǐng)結(jié)道出了真相。

當(dāng)晚，這名潛入醫(yī)院的黑暗組織同伙南田陸道果然展開(kāi)了行動(dòng)，但同時(shí)FBI也暴露了行動(dòng)，南田陸道在驅(qū)車逃跑的過(guò)程中舉槍自盡，雖然柯南破壞了他的手機(jī)但他還是通過(guò)其他手段將搜集來(lái)的信息傳給了組織。既然事情發(fā)展到這種地步，轉(zhuǎn)院無(wú)疑就是在向黑暗組織昭示水無(wú)憐奈就在這里，所以只能另想對(duì)策。另一方面，英祐伺機(jī)潛入了水無(wú)憐奈的病房，并發(fā)現(xiàn)她早已從昏迷中蘇醒。

小林老師在圖書(shū)館里發(fā)現(xiàn)了一個(gè)牛皮錢包，那里放了小學(xué)一年級(jí)時(shí)小蘭留的字條。事情追溯到十年前，為證實(shí)謠言的真假，小蘭和新一夜訪校園，不想?yún)s在學(xué)校圖書(shū)館遇到了一個(gè)自稱是新一弟弟的神秘男子，他向新一發(fā)出挑戰(zhàn)并在留下了一個(gè)裝有暗號(hào)的牛皮錢包后離開(kāi)。于是，新一和小蘭二人就在阿笠博士的幫助下展開(kāi)了解謎暗號(hào)的尋寶之旅！