柯南等人掉落屋低之后，發(fā)現(xiàn)這個(gè)別館的地下居然是一個(gè)巨大的迷宮，大家團(tuán)結(jié)一致將衣服拆開(kāi)，利用毛線引導(dǎo)道路，雖然走了很多冤枉路，但還是找到了出口。而此刻距離解謎的結(jié)束時(shí)間只有三個(gè)小時(shí)，這時(shí)，窗外的一束光給了柯南提示，他跑出東之天使那里，把找到的黑色水晶按放在相應(yīng)的位置，寶藏的所在也顯現(xiàn)出來(lái)，這時(shí)，時(shí)鐘不顧一切的沖向?qū)毑兀降资鞘裁慈耍?/p>

小五郎和柯南一起推斷這三個(gè)字的含義卻毫無(wú)頭緒，水無(wú)一句無(wú)意的話提醒了柯南，于是他打電話給警局確認(rèn)，不想事情真如他想的一樣，原來(lái)這是高木警官在這里執(zhí)行任務(wù)無(wú)聊時(shí)寫(xiě)的，接下來(lái)就是門(mén)鈴之謎，翌日門(mén)鈴再次響起，不過(guò)這個(gè)按門(mén)鈴的人卻被柯南抓個(gè)正著，沒(méi)想到居然是……本以為一切都結(jié)束了，柯南卻從無(wú)意中粘在水無(wú)鞋上的竊聽(tīng)器得知，她居然是黑衣組織的人。

少年偵探隊(duì)按照暗號(hào)分別找到了剩下的兩個(gè)時(shí)光保存罐，卻發(fā)現(xiàn)在此之前有人曾將它們挖出來(lái)過(guò)而且最后一個(gè)發(fā)現(xiàn)的時(shí)光保存罐里面竟然有一封信，將所有的字條擺在一起，真相也愈發(fā)明晰，柯南在阿笠博士的幫助下揭露了真兇，沒(méi)想到事情的癥結(jié)可以追溯的十五年前……

如果想要找到大寶石就必須先尋得與瓊曲玉 八咫鏡齊名的第三件神器——草雉劍，離開(kāi)了骷髏遍地之所，一伙人來(lái)到了一處地下溫泉，元太無(wú)意中按中的按鈕讓溫泉向外流出，這時(shí)，眼前出現(xiàn)了一個(gè)洞穴，不出柯南所料，草雉劍就在這里，上面還刻有“龍”字，根據(jù)三件神器所刻的“永”“炎”“龍”，柯南推斷出了大寶石的所在，然而，取出寶石之后，卻發(fā)生了……

柯南、步美等人在阿笠博士的帶領(lǐng)下，來(lái)到假面超人的拍攝現(xiàn)場(chǎng)，不巧正好碰上攝制組休息，在這期間不時(shí)能聽(tīng)到陣陣的爭(zhēng)吵聲，劇組工作人員深町堅(jiān)決反對(duì)特效演員力石表演危險(xiǎn)動(dòng)作，可是力石卻倔強(qiáng)的想要證實(shí)自己的實(shí)力，結(jié)果在表演中發(fā)生了意外，他的車子沖破柵欄從樓頂摔了下來(lái)，力石當(dāng)場(chǎng)死亡，當(dāng)所有人都為這場(chǎng)意外感到惋惜時(shí)，柯南卻看出了這是巧妙布局的殺人事件。