發(fā)燒的小哀醒過(guò)來(lái)發(fā)現(xiàn)阿笠博士倒在了電腦之前，正當(dāng)小哀以為教授被黑衣人殺害的時(shí)候發(fā)現(xiàn)只是誤會(huì)。之后柯南，小哀和阿笠博士去拜訪了哀的父親宮野博士的朋友出島。他們認(rèn)為他可能多少知道一點(diǎn)黑暗組織的以及哀父親的行蹤，但是出島也已經(jīng)30多年沒(méi)和宮野博士碰頭了。但是就是最近宮野博士女兒明美曾來(lái)拜訪過(guò)，正當(dāng)柯南，小哀尋找明美留在這里的物品時(shí)出島卻意外死亡！

在警方調(diào)查的過(guò)程中，他們還在下鴨的房間發(fā)現(xiàn)了一盤(pán)由絹川和輝主演的錄影帶，本來(lái)想看看其中有什么線索，不想小五郎和橫溝警官還很入戲的看完了，但柯南卻注意到了被他們所忽略的細(xì)節(jié)，這時(shí)，有鑒識(shí)人員說(shuō)兇手在勒死下鴨之前曾用蓬蓮頭敲打他的頭部，柯南根據(jù)這些判斷出兇手是誰(shuí)以及她所使用的兇器，之后，他又使用老方法將小五郎麻醉，在指示了橫溝警官做好相應(yīng)準(zhǔn)備后，一場(chǎng)精彩的推理就要開(kāi)始了！

阿笠博士帶著柯南和哀拜訪了哀父親的兒時(shí)的玩伴出島。但就在這時(shí)出島卻被毒死！小哀擔(dān)心可能是暗黑組織發(fā)現(xiàn)了姐姐留下的東西而殺人滅口，但柯南予以否定并道出了兇手利用廁所的抽紙而實(shí)行的殺人計(jì)劃，而兇手正是設(shè)計(jì)所的設(shè)計(jì)員。案件解決后小哀終于拿到了姐姐留下的媽媽的遺物。另一方面黑衣人一伙似乎也有了新的行動(dòng)。

少年偵探隊(duì)這次在阿笠博士的帶領(lǐng)下欣賞精神隊(duì)的游行隊(duì)伍，沒(méi)想到巧遇便衣執(zhí)行任務(wù)的佐藤警官，因?yàn)榫d收到一封反精神隊(duì)球迷的警告?zhèn)髡妫A(yù)言這場(chǎng)游行將有意外發(fā)生，所以警局才會(huì)派警員混進(jìn)游行隊(duì)伍進(jìn)行調(diào)查，首先出事的是高木警官的車(chē)，之后，大家一起查看光彥在炸彈附近拍攝的影像，就在這時(shí)，又發(fā)生了一起爆炸事件。

柯南、小蘭、小五郎在吃完法國(guó)料理后回家的路上，碰巧看到了在西須三田車(chē)站的吵架現(xiàn)場(chǎng)。而之后那個(gè)中年男子在爭(zhēng)斗中從站臺(tái)掉下下去當(dāng)場(chǎng)死亡。根據(jù)目擊者以及當(dāng)事人的證詞警方都認(rèn)定是意外，但只有柯南注意到了隱藏在意外背后的不自然的地方，而在調(diào)查了犯罪現(xiàn)場(chǎng)后柯南終于揭開(kāi)了案件的真相。而兇手也承認(rèn)了因?yàn)榕笥延龅杰?chē)禍而報(bào)復(fù)殺人的事實(shí)。