柯南、小蘭與小五郎因車子沒油了，得到木山家具社長馬島的款待。社長家的宅院每天會流三次水的組合石庭。在去客廳的途中眾人偶遇馬島與下屬發生沖突的一面。這天木山家具為了紀念1號店，聚集了眾多相關者開宴會。而從設計石庭的前社長的兒子、木山智則開始，出席者仿佛都記恨馬島。清晨突然發現馬島社長死在了石庭的中央！

這件兇案的最大疑點就是，兇手從這個亂七八糟的黑暗房間逃跑的時候，居然沒有發出任何聲響，而且門鎖也沒有被破壞的痕跡，由此看來，睡在死者身邊的穗島嫌疑最大，可穗島卻說唐田和根上也都有這間屋子的鑰匙，于是，警方找來這二人進行偵訊，得知案發時兩人都沒有不在場證明，既然如此，嫌疑犯就有三人，這時，警方發現死者身上少了一顆紐扣以及地上的攝影機，查看過影像大家仍未發現有何異常，而那顆不翼而飛的紐扣就成了破案的關鍵。

警察局的小五郎案件調查被盜。迷般的黑色神秘組織也許就在附近?？履蠎岩杀瓚羰芯频暌苍S還有皮斯克的同伴，收集情報的美國女演員克麗絲。同時柯南與平次為刺探可疑的外國女性、英語教師朱蒂的情報，一起去朱蒂的家里。就在這時從公寓上有名男性墜樓。就在暮目警官準備以自殺事件結案的時候平次指出了他殺的證據。

為了送灰原去看病的柯南和阿笠博士，在東都百貨商店的地下停車場里遇到了殺人事件。被害者是和另三位擁有保時捷車的朋友打完高爾夫回去途中遇害的。目暮警官對這三個人進行了詢問后發現三個人在案發時侯都有不在場證明。但是看到三個人的保時捷車內的照片后的柯南發現了事情的真相。借助園子，柯南向眾人揭露了事件的真相。而兩名神秘也似乎找到了灰原所在之處？！

園子的大伯次郎吉因為怪盜基德曾經搶了他大出風頭的機會，而一直耿耿于懷，便不惜人力物力發誓抓住基德，他以“藍色奇跡”為誘餌高調的在報紙上向基德下戰書，不想基德居然回應了他的挑戰，并說自己會走著去盜取“藍色奇跡”，在正式盜取之前，基德先前往博物館查看地形，面對層層包圍的警察和直升機，他就這樣突然懸浮在空中出現在眾人面前，不但如此，他還在沒有任何設備的狀況下，泰然自若的在空中漫步。