魏軍與蜀軍交兵于祁山，司馬懿（魏宗萬飾）屢次中計，于是閉門不出，以逸待勞。劉禪恢復了諸葛亮丞相的職位，但這時諸葛亮的身體已經大不如前。諸葛亮設計引魏軍出戰，司馬懿與諸葛亮斗智斗勇，知道這是諸葛亮的誘敵之計，于是分兵兩路夾擊蜀軍，諸葛亮也做好了周密的部署，分兵四路對抗魏軍。此時魏延（王心海飾）已經有了反心。魏軍慘敗。諸葛亮卻重病倒下，全軍撤回漢中。一年后魏軍率兵四十萬直逼漢中，諸葛亮訂下退敵之策準備再出祁山。連降秋雨，魏軍冒雨而退，諸葛亮乘勢再出祁山。

諸葛亮（唐國強飾）罵死王朗。曹真料定蜀軍趁魏軍辦理王朗喪事之時，必來夜襲營地，于是連夜偷襲蜀軍，不料中了蜀軍埋伏。司馬懿教導自己的兒子要勤學本領，為人處世和領兵作戰都應隨機應變。魏王曹睿得知曹真不敵諸葛亮，接受大臣推薦，啟用司馬懿。李豐把孟達書信交給諸葛亮，并說明孟達助蜀滅魏的原因。諸葛亮高興不已。士卒來報：曹睿領兵至長安，并任用了司馬懿，命其領兵來匯合。諸葛亮知孟達不是司馬懿對手，急書孟達，嚴防司馬懿。孟達看信后不以為然，說出攻魏之事，其部下申儀派家人報信于司馬懿。司馬懿率兵向孟達極速行進，讓申儀佯作舉世，拖延時間。諸葛亮看到孟達回信，為其不聽自己之言而擔憂，又急書讓信使速回。信使被司馬懿的軍士抓獲。司馬懿看了諸葛亮的手書，驚嘆不已。司馬懿兵臨城下。孟達看到申儀也趕到，便沖出城去，想一舉擒獲司馬懿，不料申儀叛變，留城守將也叛變，無奈戰死城前。司馬懿又殺死了叛將申儀。司馬懿受到曹睿的加獎。諸葛亮猜到司馬懿會去攻取街亭，馬謖請命去守街亭。諸葛亮感其誠意命為主將，王平為副將，又命高翔、魏延駐守街亭附近，待街亭告急時引兵救援，命趙云帶兵作疑兵，自己率大軍攻打長安。

諸葛亮（唐國強飾）來到先帝靈位之前痛苦不已，決定親自率領大軍再次討伐魏國。此時，大將關興不幸去世。魏國派遣司馬懿為大都督迎戰諸葛亮。司馬懿識破諸葛亮計策，蜀軍先鋒部隊大敗而歸。司馬懿知道蜀軍運送糧草不便，開始閉門不戰，以拖延蜀軍戰機。諸葛亮設計木牛流馬，以運送糧草，準備持久戰。司馬懿仿制木牛流馬，卻不知已中諸葛亮之計，魏軍大敗，諸葛亮設計獲得魏軍大量糧草。此役之后司馬懿更加閉門不戰，諸葛亮心急如焚，設法誘敵出戰。

曹操（鮑國安飾）欲立嗣，三子曹植才高八斗，滿腹經綸，楊修又輔佐曹植軍務之事，使得無論魏國之臣還是魏國之民都對立曹植為嗣呼聲很高。欲奪嗣子之位的長子曹丕則一直關注曹植的動向。逐漸失寵的曹丕（楊俊勇飾）請來賈詡商議，賈詡已知曹植背后是楊修的出謀劃策，欲除掉楊修。曹丕又設計灌醉曹植，讓曹植耽誤了軍情。曹操大怒，最終立曹丕為嗣。漢中爭奪戰在曹操與劉備（孫彥軍飾）之間展開，張飛（李靖飛飾）率兵進攻漢中。

司馬懿（魏宗萬飾）救曹真（鄭強飾）于危難。陳式（陳德寶飾）、魏延（王心海飾）違命中伏，諸葛亮（唐國強飾）斬陳式。諸葛亮托書降兵交予曹真，曹真看后當晚死于軍中。李嚴（賈錫魁飾）部下茍安（沈聰飾）貪酒延誤糧草十日，重杖八十。茍安懷恨在心歸降司馬懿，造謠諸葛亮有篡國之意。劉禪（李鐵飾）下詔，命諸葛亮回朝，蜀軍錯失戰機，諸葛亮痛心疾首。蜀軍缺糧欲于隴上割麥，司馬懿埋伏在先。諸葛亮裝神弄鬼引司馬懿于怪樹灘，司馬懿大驚，以為諸葛亮真有神鬼莫測之能，于是退兵，諸葛亮收了麥子。