某個炎熱的夏日，博士帶少年偵探隊來到山里采集昆蟲，期間，博士出了一道暗號讓他們進行尋寶，內容是“丸蟲、家、帳篷”沒想到這個暗號居然難住了柯南。另一方面，在海灘度假的小蘭，打電話給柯南說她們那里發生了命案，死者是與小蘭住一家旅館的見山，之后，她和園子還遭到了攻擊，而唯一的線索就只有死者留下的一串字母。

警方聽過答錄機里的留言后，分別向留言的蓬田、檜垣和稻葉打電話確認，發現每個人都有不在場證明，雖然警察沒有頭緒，但柯南卻早已知道兇手是誰，可介于小林老師的暗中觀察，柯南不能表現的太過明顯，于是，他將自己的推理簡單告訴元太他們，讓他們分擔必要的說辭，提醒警察逐一排除其他兩名嫌疑人犯案的可能，那么，最有可能犯案的就是他！

小五郎受狩谷伴子太太所托來到狩谷家幫她找被弄丟的手機，隨后大家分別對可能拿走手機的大策、嗣貴和滋英進行詢問，卻并未找到，反而在小五郎等人離開的時候，伴子找到了手機。本以為一切就此結束，誰也沒想到伴子當晚就遭人殺害，警方對狩谷家的人一一進行偵訊，卻發現每個人都有不在場證明，期間，家里的仆人提起了12年前所發生的事情……

服部平次和遠山和葉特地趕到東京，邀約柯南和小蘭一起去大阪看甲子園球賽和寶塚歌舞，不巧的是這兩個節目居然在同一天舉行，為了決定看什么，服部和和葉爭論不休，這時小五郎提議進行一場推理賽來決定去哪里，他將警方委托他調查一起殺人事件交給了平次和和葉。這起案件的死者是玩具公司的社長，在案發現場服部準確的說出了死亡方式以及兇器，并且還發現了死者用積木留下的死亡訊息，和葉心有不甘也認真投入到暗號的破解之中，這兩個人到底誰更勝一籌呢？

某日清晨，柯南等人正在觀察4只青蟲時看到有警車在附近?？?。為打探消息柯南他們隨即趕往現場。根據高木刑警的敘述得知，獨自生活的一位老人被殺。利用午休時間，高木等人來到學校。據說昨晚，有個少年剛巧目擊了犯罪經過警方隨即來尋找那名少年。高木雖然找到了那名目擊者圭一，但是圭一卻不承認看到過犯人。