博士請(qǐng)大家在一個(gè)叫Peach Sunny的咖啡店吃甜點(diǎn)，期間，在靠窗位置有兩個(gè)正在爭(zhēng)吵的人引起柯南的注意，就在博士剛趕到咖啡店時(shí)，突然沖進(jìn)了一輛卡車，撞死了坐在靠窗位置的那位先生，警方趕來后，得知死者叫相田，而和他一起的是大原企畫的社長(zhǎng)大原，意外發(fā)生時(shí)，大原正好去了廁所，所以才保住性命，這場(chǎng)看似意外的案件其實(shí)是有人蓄意殺害，那么，兇手是誰？他又采用了什么樣手法？

倫太郎家的餐廳來了一個(gè)叫龜倉(cāng)雄二的人，在他以報(bào)恩為目的來到這里之后，倫太郎家原本的冷清的餐廳因龜倉(cāng)的努力而漸漸生意興隆起來，可倫太郎總覺得事情沒那么簡(jiǎn)單，便拜托少年偵探隊(duì)進(jìn)行調(diào)查。龜倉(cāng)以想菜單為由總把自己關(guān)在屋子里，這讓柯南等人覺得很可疑，這時(shí)，光彥想到了福爾摩斯里的紅番聯(lián)盟案件，于是大家便以這個(gè)案件為參考展開了調(diào)查，柯南認(rèn)為光彥等人的推理都不可靠，然而事情的真相卻將柯南狠狠打擊了一番。

阿笠博士的朋友加納照也由于近日就要搬家的緣故，所以計(jì)劃將用不到的東西送給朋友，柯南等人在這里遇到了加納在愛犬協(xié)會(huì)的朋友綱島吉雄、土佐林和蓮木志乃，就在大家思考要帶什么東西回家作紀(jì)念的時(shí)候，加納家飼養(yǎng)的一只小狗道爾不見了，后來大家在焚化爐里找到道爾脖子上的項(xiàng)圈，但幸運(yùn)的是焚化爐里并未發(fā)現(xiàn)狗的骨骸，那么，道爾到底被歹徒藏在哪里了？他又打算怎么帶走道爾呢？

雖然對(duì)現(xiàn)場(chǎng)進(jìn)行了調(diào)查，但警方無論如何都找不到?jīng)Q定性的證據(jù)，束手無策之時(shí)，小五郎提出了他的自殺論，并且得到了目暮警官的認(rèn)同，就在警方準(zhǔn)備以自殺結(jié)案時(shí)，話劇中的黑衣騎士突然出現(xiàn)，在否定了自殺論之后，他摘掉面具，而面具下面正是那張讓小蘭朝思暮想的面容，沒錯(cuò)，真正的工藤新一登場(chǎng)，在進(jìn)行了一番精彩絕倫的推理后，他卻再次昏倒……

被害的真紀(jì)的因?yàn)殄X包不見了，被疑為是強(qiáng)盜殺人。乍看之下雖然像是強(qiáng)盜殺人，柯南卻肯定兇手是這些大學(xué)生一行人中的某人。雖然懷疑藤浩的不在場(chǎng)證明是否可以確立，這時(shí)這一行人中復(fù)雜的人際關(guān)系一點(diǎn)一點(diǎn)浮現(xiàn)出來。這次的殺人事件中，隱藏著另外一個(gè)邪惡的計(jì)劃。在“沉睡的小五郎”的解說下兇手最終浮出水面來。