小五郎等人代替感冒的阿笠博士到伊豆參加推理之旅。活動(dòng)規(guī)定，如果能夠找出推理之旅的主辦人就可以免費(fèi)住宿并可獲得一個(gè)包含某種病毒程序的磁盤。但是在旅途中不知什么人扮成暗夜公爵把柯南從欄桿上推了下去！之后柯南打電話詢問(wèn)阿笠博士關(guān)于程序的事情得知了病毒的事情。晚餐后回房間時(shí)柯南和小蘭偶遇和明子發(fā)生口角的前田并被前田邀請(qǐng)卻觀看夜景。就在這時(shí)暗夜公爵卻墜樓生亡！

就在小五郎因跟蹤一個(gè)男人三天而大賺一筆高興時(shí)，電視上播報(bào)出一個(gè)名叫根岸的人在紅鬼村火祭被燒焦的消息，誰(shuí)想此人正是小五郎跟蹤了三天的人，而嫌疑最大的就是繼承了根岸五億財(cái)產(chǎn)的阿部豐，可根岸被殺的時(shí)候，阿部豐在外旅行，因此他有充分的不在場(chǎng)證明，可這些沒(méi)能瞞過(guò)柯南的眼睛，他還是解開了阿部豐的「不在場(chǎng)證明」。

柯南離開時(shí)雖交代元太他們把追蹤眼鏡交給警方，但想要立功的偵探團(tuán)卻私自行動(dòng)，并利用眼鏡找到柯南的位置，正要打電話報(bào)警的時(shí)候被歹徒發(fā)現(xiàn)。眼看就能將TWO-MIX解救，柯南卻因元太等人的綁架，再度落入敵人手中，他戳穿歹徒想要練習(xí)帶的目的后，歹徒惱羞成怒點(diǎn)燃屋內(nèi)的汽油，柯南等人能否成功逃脫？

鋼琴奏鳴曲《月光》殺人事件(上集)麻生圭二的人邀請(qǐng)來(lái)到月影島，打聽之后得知此人十二年前就在貝多芬的《月光》曲中詭異死去，至今島上還流傳著關(guān)于鋼琴詛咒的流言，因?yàn)榍叭未彘L(zhǎng)就是死在鋼琴旁。柯南等人來(lái)的當(dāng)天，正趕上前任村長(zhǎng)的法事，突然鋼琴聲響起，大家沖進(jìn)琴房后，看到的是資產(chǎn)家川島先生的尸體。暮目警官到達(dá)的當(dāng)晚，現(xiàn)任村長(zhǎng)也被人刺死，身旁還留下了音符的暗號(hào)。

某日，一個(gè)自稱柯南媽媽的陌生女人來(lái)接他，柯南第一反應(yīng)就是她可能是黑衣組織的人，因?yàn)樗宄履霞业牡准?xì)以及他的真實(shí)身份，期間，柯南雖趁機(jī)逃脫，但去找阿笠博士的時(shí)再次候被抓，他聽到了那個(gè)女人和一個(gè)面具男討論交易藥物的事情，待他們離開后柯南按照那伙人留下了線索找到交易地點(diǎn)，可不幸的是他行跡暴露，面具人對(duì)他槍口相向……