少年偵探隊為幫白鳥警官報仇，堅持留下來和警察一起進行破案，根據(jù)歹徒留下來的警告信，警方認(rèn)為炸彈就安在紅色的電車上，可是費盡力氣找到的全都是用來混淆視聽的假炸彈，如果找不到炸彈,住在東京區(qū)的1200萬居民都將成為人質(zhì)，柯南再次仔細(xì)琢磨這封警告信，發(fā)現(xiàn)歹徒所指的地方就是東都塔，并且那里也已經(jīng)發(fā)生了一次小型爆炸。高木警官和柯南沖入東都塔，成功將困在電梯的女孩解救，但他們兩人就沒有那么幸運了，柯南發(fā)現(xiàn)裝在炸彈上的水銀汞柱已經(jīng)啟動！

小五郎帶著柯南和小蘭到東都國技館觀看無敵假面角斗士狼人的競技表演。之后柯南他們在會場上遇到的大神敬晴知道狼人的實際身份。但是，就在比賽開始前，突然發(fā)現(xiàn)了狼人的對手永瀨豹太被刺殺后的尸體。而在兇案現(xiàn)場發(fā)現(xiàn)了隱形錄像里錄下了兇手的樣子！戴著面具的兇手的通過體型的判斷被確定為四個人人之中。

從現(xiàn)場調(diào)查回來以后，柯南已經(jīng)知道了兇手的犯案手法并且還找到了決定性的證據(jù)，萬事俱備，柯南用花言巧語讓小五郎做了特別辯護人，開庭前柯南還在妃英理面前重現(xiàn)殺人手法。妃英理和九條的對戰(zhàn)再度打響，柯南本想讓小五郎自己發(fā)揮，可他卻越幫越忙，于是，柯南以慣用手法將他麻醉，在法庭上揭露真兇。

在木山家具社長馬鳥宅留宿的柯南他們，在他自傲的石庭中部發(fā)現(xiàn)橫躺著的被絞殺的馬島社長。犯人恐怕在出席晚餐的4人中。但是，如何不留足跡將尸體運到庭院中部？此時小五郎說他已經(jīng)明白了，但實驗失敗，理論不成立。在調(diào)查了攝影展招待卷后柯南推理出犯人的正式身份和犯罪手法來。在不容質(zhì)疑的證據(jù)面前兇手最終坦白了罪行。

如果電話一直沒人接，黑暗組織必將有所行動，于是柯南拿起電話利用變聲領(lǐng)結(jié)和沃克商量交易的時間和地點，將交易時間提前之后，阿笠博士和柯南立刻開車返回東京，不料車子居然爆胎，就在這時，路上駛來一輛車，搭上順車的柯南發(fā)現(xiàn)車?yán)锏囊荒幸慌苁枪殴郑伤菩侣劺锼f的珠寶大盜，途中，他們還遇到了群馬縣警察臨時檢查，不過柯南并沒有揭穿他們，難道柯南就這樣讓他們逃脫警方的追捕逍遙法外？