如果想要找到大寶石就必須先尋得與瓊曲玉 八咫鏡齊名的第三件神器——草雉劍，離開了骷髏遍地之所，一伙人來到了一處地下溫泉，元太無意中按中的按鈕讓溫泉向外流出，這時(shí)，眼前出現(xiàn)了一個洞穴，不出柯南所料，草雉劍就在這里，上面還刻有“龍”字，根據(jù)三件神器所刻的“永”“炎”“龍”，柯南推斷出了大寶石的所在，然而，取出寶石之后，卻發(fā)生了……

隨著調(diào)查的深入，柯南知道了搶劫珠寶的并不是死者后村，而另有其人，這個人不僅是搶匪還是殺人兇手，為了讓兇手老實(shí)認(rèn)罪，柯南重現(xiàn)了當(dāng)時(shí)搶匪跳樓的場景，并找到了足以證明他就是兇手的證據(jù)。案件結(jié)束之后，佐藤警官找了高木原本打算送給她的胸針，可沒想到佐藤警官竟然對珠寶沒有興趣，這時(shí)，高木警官才意識到這一切都是由美的“陰謀”。

少年偵探隊(duì)按照暗號分別找到了剩下的兩個時(shí)光保存罐，卻發(fā)現(xiàn)在此之前有人曾將它們挖出來過而且最后一個發(fā)現(xiàn)的時(shí)光保存罐里面竟然有一封信，將所有的字條擺在一起，真相也愈發(fā)明晰，柯南在阿笠博士的幫助下揭露了真兇，沒想到事情的癥結(jié)可以追溯的十五年前……

去趕海的柯南和小哀，阿笠博士和少年偵探團(tuán)的各位，在那兒結(jié)識了悶悶不樂的大學(xué)生牛込嗣夫。后來，牛込迂的社團(tuán)成員三瀨隆、八島光枝、久津梢子買東西回來。路上4人的神情十分奇怪、一吃完午飯便回去了。之后，柯南留意到牛込忘了拿耙子，當(dāng)元太等人吧耙子送去給牛込趕到停車場時(shí)時(shí)卻發(fā)現(xiàn)了牛込已經(jīng)死在車內(nèi)！

和葉和小蘭說在停電之前與來電以后，她們所看到的花瓶影子大有不同，在這么的短的時(shí)間內(nèi)，月亮的移動速度真會如此之快？隨后，目暮警官又對范田當(dāng)時(shí)休息的房間進(jìn)行了調(diào)查卻并未發(fā)現(xiàn)可疑之處，就在他關(guān)上窗戶準(zhǔn)備離開時(shí)，柯南和服部看到窗戶上反映出的影子，不禁恍然大悟，沒錯，兇手就在這棟房間內(nèi)。