就在光彥撥通報警電話之時，檢查的工人以小哀作為威脅，沒有辦法下光彥掛斷了求救電話。犯人們商議著要放棄贖金處理掉一切，少年偵探團(tuán)的各位陷入了危機(jī)，就在這時步美注意到柯南發(fā)出的信號，按照指示給依次給步美，柯南，元太和阿笠博士的手機(jī)打電話來分散犯人的注意力，但因?yàn)槁曇籼蠓炊l(fā)了犯人的注意。而此時犯人也發(fā)現(xiàn)了孩子們的計謀開始尋找光彥他們，柯南利用麻醉槍也終于制符了犯人們。

小五郎受邀來到Nijimura品牌店，卻正好目擊社長仁地村被人綁架的畫面。社長的妻子兼副社長沙希，按照綁架犯的要求帶著一億贖金搭電車解救人質(zhì)，就在電車開往中戶呂鐵橋的時候，沙希按照指示將包包從窗戶丟到河里，而此刻正趕上泄洪，包包隨著增加的河水被沖走，待警方在五公里外的河岸發(fā)現(xiàn)時，贖金已經(jīng)被犯人拿走，而社長仁地村也被殺害。雖然事情已經(jīng)結(jié)束，但柯南和小五郎卻重返現(xiàn)場進(jìn)行調(diào)查，并發(fā)現(xiàn)……

為了消除基德偽裝成他人的可能，少年偵探團(tuán)分別承擔(dān)起了看守四個臺座的重任，就在這時，屋內(nèi)突然停電，只能聽見電流嗞嗞的聲音以及窗外吹進(jìn)的風(fēng)的呼呼聲，屋內(nèi)很快恢復(fù)了光亮，但大家發(fā)現(xiàn)在這短短的一分鐘內(nèi)，基德不動聲響的將柯南電暈打開中間的立柱盜走了麒麟角，灰原發(fā)現(xiàn)這四個臺座分別代表了四神獸，這或許與三水吉右衛(wèi)門刻在柱子上的話相關(guān)，在沒有柯南的幫助下，少年偵探團(tuán)能否找到被盜的麒麟角？

這個安置炸彈引起恐慌的不是別人，正是扮演無辜公民的綁著炸彈的那個男人，柯南不僅揭穿了他的身份還將他曾經(jīng)殺人的事情公之于眾，案件圓滿解決之后，柯南看到了不不明人士傳給小五郎的推理簡訊，根據(jù)目擊者所說傳簡訊的那人很可能就是面帶傷疤的赤井秀一，待柯南追出去的時候發(fā)現(xiàn)赤井已經(jīng)離開了大廈，而蓄意暗殺他的黑衣組織也因接到幕后老板的指示撤消了暗殺行動。

為了陪光彥把壓歲錢存進(jìn)賬戶，柯南、步美和灰原等人一起來到帝都銀行，可元太因?yàn)槌蕴辔竿戳似饋?，就在博士和灰原外出買藥期間，一波帶著面具的搶匪突然闖進(jìn)銀行，前來取錢的茱蒂老師以及一名貌似赤井秀一的人也成為了他們的人質(zhì)，雖然茱蒂用美人計在廁所獨(dú)立擊倒一名搶匪，卻不幸被同伙發(fā)現(xiàn)，事已至此，少年偵探團(tuán)成為了將徒制服的唯一希望！