莫愁救出的那位女子自稱是《紅樓夢》作者曹雪芹之妻湘云，因慕紀曉嵐之名，特意拜訪，希望能借助正在編纂《四庫全書》的紀大人之手，使“紅樓”重見天日。紀曉嵐與寄居其府宅“閱微草堂”的小月、莫愁為書中情節所感染，急欲一睹作者面目，一起來到香山紅葉村，眼前的景象卻著實凄涼：殘垣斷墻，人去室空，只有作者遺像懸掛在墻上。正身傷感，卻被福康安的大隊人馬圍堵，說是要搜捕反清復明的殘孽余黨。 利用《紅樓夢》這部所謂的反書，福康安落井下石，將紀曉嵐投入天牢，和幸災樂禍，假意探望。正當小月、莫愁一籌莫展，從泰山而來的皇上口諭意外地救了他們。原來太后嗜好紀府以中藥炮制的話梅，限期二日之內速送至泰安府。剛剛在第一回合的較量中占了風頭的和雖不甘就此罷休，憚于太后、皇上之命，放了紀曉嵐出獄。 湘云怕《紅樓夢》書稿被抄沒和失落，執意要求由紀曉嵐來保管，面對她的信任，紀曉嵐決心不惜身家性命，定為這部千古奇書盡了綿薄之力，使之盡早刊行于世。

和珅讓徐有慶根據從乾隆那里抄來的要點擬題，徐有慶表示為了錦繡前程，愿意為和珅效勞。和琳提醒和珅要提防徐有慶，和珅不以為然。紀曉嵐對徐有慶的判若兩人感到不解，決定一探究竟。趙新進由于幫助紀曉嵐調查舞弊之事，遭到奸人陷害而變瘋。趙青表示要替哥哥參加會試。她認為哥哥的名字出現在榜首時，他的病情就會好轉。紀曉嵐苦口婆心地告誡趙青替考也是舞弊露，趙青不為所動，并再度不辭而別。徐有慶告訴紀曉嵐自己在施苦肉計，只為了得到更多和珅的舞弊證據。和珅與和琳從徐有慶的話語中發現了破綻，決定將其滅口，以防后患。紀曉嵐暗示乾隆試題被泄露。王喜知道難逃一死，便服毒自盡，臨死前誣陷紀曉嵐為幕后主使。紀曉嵐意識到徐有慶要遭不測，貼告示尋找徐有慶。臨考前，和珅貌似悠閑地購買了一大批鴿子。鑒于上一次的經驗教訓，乾隆將此次會試的搜撿設置得更加嚴格。

小芳自首，表示自己殺死了姐姐。紀曉嵐責怪小月擅自將海升之事告訴小芳，將事態嚴重化。貴寧、賈三光天化日要劫走香兒，香兒在廝打中不慎撞死。當聽說逃走的打手是長了四指的任五，紀曉嵐豁然開朗。得知小芳就是昔日選秀時大鬧順貞門的人，乾隆派紀曉嵐和綿恩重審小芳。小芳公堂之上自欖罪責，紀曉嵐讓海升與其對質，海升與小芳爭相認罪，紀曉嵐與和珅陪乾隆去戒臺寺。方丈受紀曉嵐委托。將李二原本為一村夫野漢，卻因得到官宦輔佐而搖身一變成為活佛的真相告知乾隆。紀曉嵐發現任五藏匿在此。在豆腐坊無意中得知黃豆受潮發芽的力量足以頂動石頭而得出佛像破土而出是因為土中埋有黃豆的結論后，紀曉嵐找到綿恩，讓其派兵捉拿李二以及任五。

小月望著一片廢墟、傷心之極。從小春口中得知紀曉嵐等已從暗道逃走，小月破涕為笑。乾隆向百官念叨缺少銀兩以備軍需，紀曉嵐帶領著工匠出現，許諾可以幫乾隆解決難題。人證、物證俱在，齊蘇圖只得低頭認罪。銀妃以死要挾乾隆放過齊家。見乾隆不為所動，銀妃自盡。和珅為了擴大自己在朝中的勢力，暗中支持村夫李二組織邪教，從而謠言惑眾，籠絡人心。一時之間，朝廷內外盡是李二的信徒。工部因大做法事導致衙門失火。和珅答應撥款給工部金尚書以重修工部衙門。御史海升之妻組氏參加了當日作法，海升將失火原因告知了紀曉嵐。和珅同黨吳省蘭將作法用書《佛法心經》奉與皇上，并夸口只要通讀此書，便可百病不侵。和珅不失時機地推薦吳省蘭任左都御史。乾隆以紀曉嵐著成《四庫全書》為由，指派他上任左都御史，并對其寄予厚望。紀曉嵐上任之時，和珅的黨羽劉構傲慢無禮地當眾打坐，向紀曉嵐挑釁。紀曉嵐覺察出邪教實力強大，決定剝繭抽絲，調查到底。

盧焯將趕來給自己報信的馮青殺掉滅口，并命盧安追趕瑤琴。瑤琴與乾隆碰巧在同一客棧投宿，瑤琴的美艷深深打動了乾隆。盧焯讓郭天認罪，遭到郭天拒絕，盧焯慌稱瑤琴還在自己手中，并以此要挾郭天。瑤琴決意拔劍自則，乾隆趕到救出瑤琴。瑤琴表示不愿再耽誤乾隆行程，乾隆實在不舍，便繼續跟隨瑤琴。張了了慌稱上街散心，小月感蹊蹺，便尾隨至一戲園，發現張了了與一英俊小生會面，小月很是詫異，察探到小生名叫洪天鳴。瑤琴和春桃雇了一輛黑車趕路，半途被車主勒索并要被滅口，盧安半路殺出，將車主打死，再次將瑤琴劫走。