孫策（濮存昕飾）占領江東后，聲勢大震，常有攻打許都之心，許貢告密于曹操，被孫策兵馬抓獲。孫策與張昭游街的時候，遇見被民間稱為“神仙”的于吉，見城中百姓皆行跪拜之禮，大怒。在出城散心中碰到殺手，被刺傷。不久孫策傷勢見好，于吉又在城中施符水，正巧孫策正在召眾臣商討討伐許都之事，遂勃然大怒，一劍刺向于吉。于吉死后，孫策不久傷口復發而亡，其弟孫權統領江東。

班長卷入“靈魂事件”受了傷，博人為此非常自責，唯一能看到黑影的他認為自己要盡快解決事件，但這卻遭到了鳴人的反對。志乃老師出面肯定了博人的想法，鳴人看到志乃的堅持后做出了讓步，鹿臺根據最近的情況開始分析如何找出黑影。和他們猜想的一樣，在他們佯裝離開郵局后操縱黑影的人物出現了。

作為火影的兒子，博人并不開心。忙碌的鳴人連他的生日都無法到場，雖然一副不在乎的樣子，但博人卻非常在意父親的關注。快要過生日的妹妹非常期待父親能夠趕回來，為了妹妹的愿望博人和父親做了約定。博人一行這次的任務只是追捕盜賊，但在昏暗的坑道內木葉丸發現了本該被完全消滅的白絕。

董卓見呂布戰敗，盟軍勢大，燒洛陽，逼獻帝遷都長安。盟軍入洛陽，各起異心。孫堅在宮井中得到傳國玉璽，率軍返回江東。曹操（鮑國安飾）與袁紹發生摩擦，去了揚州。盟軍瓦解。接著軍閥又開始火并。袁紹攻公孫瓚，被趙云所救。趙云（張山飾）本是袁紹部將，見袁紹無忠君救民之心，于是棄袁紹而投了公孫瓚，但不受重用。在江東，孫堅攻荊州，被劉表軍士用亂箭射死。此時，司徒王允在長安設下連環計，讓董卓和呂布為爭奪歌JI貂嬋而發生沖突，董卓被殺。董卓部將又反撲過來，殺了王允全家。在軍閥混戰中，青州黃巾又起，曹操前往收降了三十余萬人，擇精壯者編為青州軍，其余軍士放歸務農，從此威名大振，朝廷封曹操為鎮東將軍，屯駐兗州。這時，曹操老父被黃巾降將所害，操為報父仇，盡起兵馬親討降將新主徐州陶謙。劉備從公孫瓚處借趙云和兵馬解救陶謙，曹操因呂布助張邈奪取兗州而退兵，徐州解圍。陶謙三讓徐州，劉備終受，暫管徐州軍政事務。曹操與呂布混戰，收復兗州。

第三場考試是個人戰，考試將以淘汰賽的規則進行，第一場是博人對戰云隱的尤魯伊。尤魯伊的口香糖能通過注入查克拉成為觸媒，滿場的泡泡一碰就爆炸，陷入劣勢的博人再次使用了科學忍具。之后的淘汰賽都非常精彩，木葉的下忍們表現的尤為突出，而最后一場比賽，蝶蝶對上的是我愛羅的養子新希。