某日，一個(gè)叫上田丈二的醫(yī)師找到小五郎，拜托他調(diào)查自己的朋友吉村遭到不明人士恐嚇的事情，當(dāng)他們來(lái)到吉村所在的公寓剛準(zhǔn)備上樓時(shí)，突然聽(tīng)到有東西墜落的聲音，柯南急忙跑去，卻發(fā)現(xiàn)吉村的尸體，目暮警官趕來(lái)之后，對(duì)吉村的公寓進(jìn)行了仔細(xì)的調(diào)查，而柯南卻將注意轉(zhuǎn)移到了住在六樓的上田身上。

宇佐美過(guò)去曾殺害過(guò)被害者的孩子。而喝醉酒的宇佐美對(duì)事件記憶不清，這樣為案件辯護(hù)的英理看來(lái)沒(méi)有勝望。小五郎雖是想證明宇佐美的不在場(chǎng)證明，卻作為檢察官方面的證人出庭。對(duì)疑點(diǎn)懷有疑問(wèn)的柯南讓小五郎作為辯護(hù)方證人再次出庭，進(jìn)行了新的推理最終指出了犯人的真實(shí)身份。美真治的嫌疑終被洗清。

小五郎等人乘坐B(niǎo)ONNET公交車(chē)，來(lái)到一個(gè)叫“影秋村”的地方，中途上同車(chē)的村民奧村喝了自己帶的茶后死亡了。小五郎和柯南自動(dòng)在“影秋村”展開(kāi)搜查。村民們就是否交給警察調(diào)查與警方發(fā)生了沖突。原來(lái)村民就是否將卡扭車(chē)作為觀光車(chē)分成了兩派而奧村作為反對(duì)派的代表同村長(zhǎng)為代表的贊成派一直有沖突。此時(shí)村長(zhǎng)船木出現(xiàn)并提出委托費(fèi)為100萬(wàn)日元的委托。之后柯南得知村子里7年前的事故。夜晚在尾隨塔子的柯南卻聽(tīng)到為了找他而進(jìn)入神社的蘭的尖叫聲??？

小五郎的事務(wù)所里來(lái)了一個(gè)叫春菜的大學(xué)生，委托小五郎找他的尋呼機(jī)朋友。春菜保存了秋悟先生的尋呼機(jī)和音樂(lè)盒，那以后，春菜的尋呼機(jī)上出現(xiàn)了奇怪的留言。小五郎一行找到秋悟的家人，卻發(fā)現(xiàn)秋悟在給春菜送出尋呼機(jī)之前就已經(jīng)死了，而走廊上還出現(xiàn)了奇怪的人影。接著眾人就發(fā)現(xiàn)已經(jīng)被擊暈的阿稔。

柯南，小蘭與小五郎秋季去松江旅行時(shí)結(jié)識(shí)了大阪來(lái)的和歌團(tuán)的5名成員。5人分別是文學(xué)家，牙醫(yī)，和果子店主，圖書(shū)管職員，投資家。這是一個(gè)連句愛(ài)好者的聚會(huì)。連句愛(ài)好者的各位因?yàn)槌楹灈Q定了每人所要吟詠的地方而分頭行動(dòng)。第二天，投資家被殺害的尸體在松江城發(fā)現(xiàn)，而剩下的成員全對(duì)投資家心懷恨意。