綾乃在休息日應(yīng)邀來(lái)到了美冬家，誰(shuí)知在門口時(shí)卻聽(tīng)到了屋內(nèi)的爭(zhēng)吵聲以及美冬的慘叫，終于打開門的綾乃只看到了美冬的尸體和房?jī)?nèi)凌亂的腳印。匆忙逃命的綾乃在路口撞上了柯南和毛利并帶他們來(lái)到了案發(fā)地，而當(dāng)柯南他們順著屋內(nèi)遺留的線索找到“兇手”田端時(shí)卻發(fā)現(xiàn)對(duì)方竟然已經(jīng)死亡。

柯南醒來(lái)后發(fā)現(xiàn)自己身在一個(gè)狹小黑暗的空間里，眼睛漸漸習(xí)慣后他才發(fā)現(xiàn)自己被困在了棺材里，能聽(tīng)到風(fēng)聲這一點(diǎn)證明他還沒(méi)被埋起來(lái)，暈倒前的一幕幕也漸漸想了起來(lái)。毛利小五郎最近接到了一起案子，律師事務(wù)所保險(xiǎn)柜被撬，存放在里面的遺囑不見(jiàn)了，這是過(guò)世的塘橋集團(tuán)會(huì)長(zhǎng)的遺囑，這件事與柯南的遭遇是否有聯(lián)系呢？

少年偵探團(tuán)的理科自由研究作業(yè)是拍攝鎮(zhèn)子的全景照片，為此阿笠博士帶他們來(lái)到云丸山露營(yíng)，在山中小屋他們遇到了正在爭(zhēng)吵的四人，而三年前意外去世的元木是他們爭(zhēng)吵的焦點(diǎn)。爭(zhēng)吵過(guò)后岳美負(fù)氣離開睡在了懸崖底下，半夜的時(shí)候榮子等人為三年前因意外去世的元木默哀，正好醒來(lái)的柯南見(jiàn)證了這一幕，但在第二天元太卻發(fā)現(xiàn)山下的岳美小姐倒在了血泊中。

柯南等人幫助舊書店店主裕次郎搬運(yùn)書籍，并在書店遇到了裕次郎的兒子一郎。一郎對(duì)于父親經(jīng)營(yíng)舊書店的事感到很不滿，爭(zhēng)執(zhí)中眾人不歡而散。在光彥的帶領(lǐng)下，柯南等人來(lái)到了舊書店旁的公園，準(zhǔn)備觀看蒸汽機(jī)車發(fā)動(dòng)的場(chǎng)面，并在等待的途中偶遇了一郎。正當(dāng)眾人與蒸汽機(jī)車合影完畢返回書店時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)裕次郎被壓在了倒塌的書架下面……

柯南從無(wú)人機(jī)上墜落后便失去了犯人的線索，就在眾人一籌莫展的時(shí)候佐藤警官打來(lái)電話，她稱發(fā)現(xiàn)了犯人。佐藤警官上前拘捕犯人卻反被挾持，柯南和高木等人趕到后協(xié)力制服了犯人，但手提包內(nèi)的1億日元卻不翼而飛。另一方面，本該被綁架的麻奈美小姐正在美術(shù)館欣賞裕之的作品，而這背后到底是誰(shuí)在搞鬼？