小蘭的同學(xué)直子被綁架，當歹徒發(fā)現(xiàn)有警察時，便放棄交易開車沖進海里，直子再次下落不明，直子父親的秘書花井很是擔(dān)心。某日，小五郎突然接到不要在調(diào)查此事的要求，柯南察覺事有蹊蹺，暗暗潛入直子家后聽到了花井和直子爸爸的談話，原來直子的爸爸再次接到歹徒電話，但他卻不愿花五億保女兒的性命，這讓花井很生氣，柯南躲在后備箱里，跟著他們來到交易場所，見到了所謂的「歹徒」。

毛利偵探事務(wù)所來個叫典子的女人，她拜托小五郎幫她調(diào)查一個叫北川的人的住址。某天，柯南看到一身穿喪服去掃墓的典子，便暗中跟蹤，她離開后，柯南從典子的朋友那里得知，原來此人是典子的男友，但在六月份遇車禍而死，察覺到典子找北川是想復(fù)仇，他趕緊打電話給小五郎，當大家趕北川住處時，典子已至，柯南利用她死去男友最愛的蝦蛄仙人掌讓她放棄復(fù)仇。

就在警察要強行帶走小五郎時，柯南在機械室和浜田的尸體上發(fā)現(xiàn)的有力證據(jù)幫他洗清了嫌疑，而目前最有可能殺人的就是上原，當大家要暗中逮捕上原時，木下出面說自己去勸他自首，五分鐘后，屋內(nèi)響起槍聲，上原射傷木下逃跑。柯南重新回到竜神號調(diào)查并和鈴一起進入海軍山洞，卻在這里發(fā)現(xiàn)上原的尸體……

戶屋英子是服裝界的名設(shè)計師，但是她所設(shè)計的服裝卻搶先被其它的廠商發(fā)表上市。明明知道是她的秘書盜取商業(yè)機秘圖利轉(zhuǎn)售卻又無可奈何。這天小蘭被選為英子的模特和柯南，小五郎一起來到英子的公司。而就在這時突然發(fā)現(xiàn)英子的秘書美香被刺身亡。在勘察現(xiàn)場之后柯南最終發(fā)現(xiàn)了英子殺人的手法，而在鐵證面前，戶屋英子也承認了自己的罪行。

某日，一個自稱柯南媽媽的陌生女人來接他，柯南第一反應(yīng)就是她可能是黑衣組織的人，因為她清楚柯南家的底細以及他的真實身份，期間，柯南雖趁機逃脫，但去找阿笠博士的時再次候被抓，他聽到了那個女人和一個面具男討論交易藥物的事情，待他們離開后柯南按照那伙人留下了線索找到交易地點，可不幸的是他行跡暴露，面具人對他槍口相向……