四代水影矢倉曾經用恐懼支配著村子，而神樂是矢倉的孫子，他一直認為自己體內流淌著劊子手的血，為此他放棄了繼承忍刀七人眾的稱號只愿輔佐長十郎，和博人相識改變了這一切。神樂下定決心繼承雙刀鲆鰈，并立志將其用于和平。但干柿尸澄真的出現讓這一切有了變數，他利用神樂的心理陰影推動反叛。

佐良娜、博人、新希展開決賽混戰，佐良娜和博人聯手對抗新希攻防一體的忍術“黑鐵乃掌”，用雷遁手里劍攻擊新希卻傷不了對手分毫。新希反擊用黑鐵困住佐良娜和博人，佐良娜被黑鐵乃翼重傷倒地，博人為了證明自己使用科學忍具贏得比賽，鳴人親手揭穿兒子的作弊行為。幕后推手片助博士登場，博人意識到自己被人利用，隨后意想不到的人物出現了。

孫策（濮存昕飾）占領江東后，聲勢大震，常有攻打許都之心，許貢告密于曹操，被孫策兵馬抓獲。孫策與張昭游街的時候，遇見被民間稱為“神仙”的于吉，見城中百姓皆行跪拜之禮，大怒。在出城散心中碰到殺手，被刺傷。不久孫策傷勢見好，于吉又在城中施符水，正巧孫策正在召眾臣商討討伐許都之事，遂勃然大怒，一劍刺向于吉。于吉死后，孫策不久傷口復發而亡，其弟孫權統領江東。

五村聯合的中忍考試終于到來，參加考試的下忍陸陸續續集合在了考場中，而博人作為七代火影鳴人的兒子則備受關注，甚至在吃飯時遭到了挑釁。因為考試的臨近，下忍之間也漸漸變得劍拔弩張，就在眾人暗中較勁時考官卻宣布第一場試題為對錯問答比賽。

博人從昏迷中蘇醒，得知雛田為保護鳴人受傷，而鳴人也被大筒木一族帶走。這次爆炸雖然沒有村民死去，但醫院里滿是受傷的人們，博人內疚跑出醫院，來到火影的辦公樓，但鳴人已經不在了。博人穿上鳴人曾經的衣服，此時佐助和其他影出現，佐助決定帶博人一起去營救鳴人。