原甘肅番臺王廷贊是紀曉嵐揭露“監糧”案內幕盯上的第一個目標，不想此人滴水不露，圓滑至極。紀曉嵐受一街頭雜耍藝人的啟發，邀其模仿王旦望的聲音與紀對話，躲在書房的王廷贊聽到原先與自己串通口徑的上司無情的出賣自己，在為憤恨，不識中了離間計一五一十向紀曉嵐告發了許多實情。并積極地獻計獻策。紀曉嵐輕而易舉便得到了極為復雜，隱秘的細節。 王旦望要派心腹沈師爺，對王廷贊軟硬兼施，誘其翻供。同時亦決定利用皇上對其才智出眾的義女的特殊好感，作為自己在這場特殊較量中取勝的籌碼。卿憐想念其早年救自己于煙花柳巷，表示愿為之赴湯蹈火。 卿憐貌美如花，才思敏捷，給圣上所出的一副難度極大的對聯對出了下聯，贏得眾從青睞。 因王廷贊出爾反爾，皇上假意申飭紀曉嵐辦案不利，發配他遠赴西域，實則是不滿前期而至的和貪功冒進，出師不利，特派紀曉嵐到那里取而代之，蘇卿憐替父送行，因敬重紀曉嵐的為人和學問，以一荷包相贈。

紀曉嵐在眾信徒面前一一揭露了李二設下的騙局。眾信徒醒悟，李二只得低頭認罪。紀曉嵐將當初留在海升之妻身上的四指掐痕與任五的手印做對比，兩者吻合，乾隆意識到海升被陷害。紀曉嵐讓海升與小芳做臨別遺言，兩人真情流露，隔壁的乾隆終于了解了冤情。乾隆下令嚴懲真兇，并賜海升與小芳完婚。早朝之時，乾降于閑談之中指出朝廷里存在結黨營私、欺上瞞下的現象，百官皆心虛不已，噤若寒蟬。下朝后，和珅竭力表示自己一身清白，卻偏偏遇到了正在等候自己的同黨——浙江巡撫盧焯。

眾閱卷官宴請紀曉嵐，暗地給紀曉嵐的湯里下藥。趙文龍假裝與和珅有秘事商談，小月中計，跟隨兩人到澡堂。和珅故意斥責紀曉嵐沉迷女色，與趙青關系暖昧。紀曉嵐藥性發作，昏睡過去。左山傀帶領眾閱卷官將原始考卷搬走，并造成紀曉嵐抽煙失火的假象。小月越聽越氣，趕回貢院要跟紀曉嵐問個究竟，卻發現紀曉嵐房里失火，于是奮不顧身將其救出。為了找尋徇私舞弊的證據，紀曉嵐帶乾隆前往香積庵。主持了凡正要殺趙青滅口，聞聽紀曉嵐到來，匆忙外出迎接。乾隆以布施為由要參觀香積庵，紀曉嵐提出要察看地牢。了凡有意勾引乾隆。

乾隆被了凡的絕色容貌所迷惑，喝了被下了藥的茶而昏迷，也被關進地牢。得知皇上和紀曉嵐同在地牢，和珅深感大禍臨頭，于是與敏德商議先發榜，然后再殺了凡滅口以瞞天過海。敏德佯裝要放了凡生路以騙得考試所收的財物。了凡料到自己難逃厄運，便交給敏德一個空箱。待敏德發現，為時已晚。乾隆對香積庵里的蹊蹺之處感到不解，紀曉嵐道出此庵正是考生、考官行賄、受賄的交易場所，并懇請皇上不要打草驚蛇。看到發榜結果，考生們群情激憤。趙文龍、左山傀在和珅的指示下，欲讓吳盛欽裝瘋以擺脫考生們的包圍，然后派人將其滅口以掩蓋罪行，再嫁禍紀曉嵐。陰謀敗露，趙文龍、左山傀欲逃，敏德佯裝義正詞嚴地將兩人捉拿歸案。和珅擔心繼續追查下去會連累到自己，一方面以穩定民心為由勸乾隆適可而止，一方面殺趙文龍、左山傀滅口。

和舉報，當鋪與古玩店的老板均是一人，為陳輝祖的娘舅，紀曉嵐心知肚明其兩面派的手法，免不了又要動用鐵齒銅牙，大打口仗。 王斬柱秘密與紀曉嵐接頭，告之藏有真實帳本的地址。小月、莫愁依照紙條上所寫上下左右尋找，與領兵圍堵的和撞個正著，雙方就誰有資格扣留帳冊爭執不休，神出鬼沒的紀曉嵐與之交涉結果是各讓半步。 陳輝祖被停職，詆死賴帳，大喊無辜，和作出一副悲天憫人的假相，一換皇上定案，卻又趕緊掉轉風頭，大唱贊歌。 紀曉嵐敦促皇上嚴厲執法，不要輕易放過任何巧取豪奪的作偽官員，和則為貪污行為作了一通令人膛目結舌的辯論，二人每每想見，總少不了明爭暗斗，是天生的冤家對頭。 皇上傳旨，陳輝祖罪有應得，落個身首異處的下場。 杭州百姓抗糧舉事起義，紀曉嵐要小月慫恿皇上再度親訪，以體查民間疾苦。三人欣然而往，途中所遇貧民不斷控訴縣衙強迫大家在災年減產的情況下又加收二成軍糧的惡行。