以大阪發(fā)生的事件為契機(jī)，平次等人特地來到東京搜查，事件現(xiàn)場是一所公寓的房間，經(jīng)過柯南和平次的調(diào)查后判定這是一起自殺案件，利落解決案件的柯南等人準(zhǔn)備乘坐電梯回去時(shí)又發(fā)生了命案。乍看之下發(fā)生在眼前的是自殺案件，但柯南和平次發(fā)現(xiàn)了很多疑點(diǎn)，根據(jù)高木警官打聽的結(jié)果，柯南等人鎖定了三名嫌疑人。

乍看之下發(fā)生在眼前的命案無疑是自殺事件，但諸多的疑點(diǎn)讓柯南和平次沿著他殺的方向調(diào)查，在詢問過有嫌疑的三人后柯南和平次有了初步的判斷，但現(xiàn)在還不清楚的是辦案的手法。毛利小五郎的調(diào)侃讓柯南和平次靈機(jī)一動(dòng)，在三名嫌疑人到達(dá)現(xiàn)場后服部利用平板電腦還原了命案的經(jīng)過。

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在小蘭的跆拳道社學(xué)姐鏡堂奈奈美的邀請(qǐng)下，少年偵探團(tuán)的眾人來到了鏡堂家尋找傳聞中的寶藏，非常熱衷建筑的上一代家主鏡堂征太郎在這座宅邸中設(shè)下了各式各樣的機(jī)關(guān)，而沒有入口和窗戶的暗黑之塔也是其中之一，而在奈奈美帶領(lǐng)他們?cè)谡∷奶巺⒂^時(shí)突然聽到了女性的慘叫聲，奈奈美的母親不幸從塔上墜亡，前去調(diào)查兇手的途中灰原卻不見了蹤影。

經(jīng)過不斷的調(diào)查，柯南和平次終于知道了這起事件的始末，而小光這時(shí)又收到了來自洋房主人的簡訊。假冒小光的合葉在小蘭的幫助下一同打倒了埋伏在南蠻房間里的兇手，敗露了行動(dòng)的兇手趁著昏暗的光線從暗道逃跑，被卡在暗道出口的他遇到的是平次和柯南，而兇手在燈光下顯現(xiàn)出來的臉是……