紀曉嵐夜讀時又接到被扔進窗子的紙條，上面寫有郭天的消息，紀曉嵐懷疑黑衣人正是張了了。紀曉嵐夜探郭天，得到通報的和珅與盧焯眼見沒有退路，只得慌忙扮成囚犯躺在隔壁囚房。乾隆看到瑤琴乘坐的馬車很是欣喜，不料落入盧安的圈套，也被一同押走。乾隆三人被關在洞中，外面重兵把守。乾隆佯裝自殺以騙過盧安，再見機救出瑤琴。紀曉嵐終于醒悟，誓要擺脫情感糾葛，全力調查國庫虧空一案。紀曉嵐扮作江湖郎中，偶遇掌管賬本的宋司庫，以自己掌握的情況博得宋司庫信任，并抓住其惶恐的心理，以消災為由取得真賬本。和珅模不透紀曉嵐葫蘆里賣的是什么藥，便決定先下手為強，命盧安將瑤琴押回杭州以要挾郭天認罪，卻沒料到乾隆在盧安即將動身時救出瑤琴。

原甘肅番臺王廷贊是紀曉嵐揭露“監糧”案內幕盯上的第一個目標，不想此人滴水不露，圓滑至極。紀曉嵐受一街頭雜耍藝人的啟發，邀其模仿王旦望的聲音與紀對話，躲在書房的王廷贊聽到原先與自己串通口徑的上司無情的出賣自己，在為憤恨，不識中了離間計一五一十向紀曉嵐告發了許多實情。并積極地獻計獻策。紀曉嵐輕而易舉便得到了極為復雜，隱秘的細節。 王旦望要派心腹沈師爺，對王廷贊軟硬兼施，誘其翻供。同時亦決定利用皇上對其才智出眾的義女的特殊好感，作為自己在這場特殊較量中取勝的籌碼。卿憐想念其早年救自己于煙花柳巷，表示愿為之赴湯蹈火。 卿憐貌美如花，才思敏捷，給圣上所出的一副難度極大的對聯對出了下聯，贏得眾從青睞。 因王廷贊出爾反爾，皇上假意申飭紀曉嵐辦案不利，發配他遠赴西域，實則是不滿前期而至的和貪功冒進，出師不利，特派紀曉嵐到那里取而代之，蘇卿憐替父送行，因敬重紀曉嵐的為人和學問，以一荷包相贈。

乾隆邀如玉共眠，如玉只得說出自己的真實身份。和珅以小月要挾紀曉嵐交出八哥，紀曉嵐無奈答應。太后親臨四庫館，見到才貌俱備的如玉甚是喜歡。太后召小月進宮，紀曉嵐囑咐小月告訴太后和珅家有一只會說人話的八哥。太后欲將小月許配給如玉。太后和乾隆興沖沖地要看和珅的八哥，和珅得意之余卻發現往日甜言蜜語的八哥此時只會痛罵太后。紀曉嵐表示自己還有一只會說賀詞的八哥，但要用金煙桿來換。和珅無奈應允。和珅以獻鳥博得太后歡心，本以為乾隆會指派自己擔任總纂官，誰知皇上以紀曉嵐找回煙桿為由讓其官復原職。乾隆經過和如玉的接觸，已對其產生愛慕之情，他命和珅阻攔如玉和小月的婚事。與此同時，紀曉嵐對如玉表示只有同意與小月的婚事，才能救出戴沾。

軍豪不愿見到朝中大亂，黎民涂炭的悲劇出現，冒死諫阻。忠言逆耳、皇上大怒。莫愁以家國為名，表示愿放棄兒女之情，并險些喝下墮胎之藥。幸虧紀曉嵐以三寸不爛之舌，說服她靜待時日，總有一天可以破鏡重圓。皇上寧為玉碎，不愿瓦全，斷然拒絕墮胎入宮的提議，要帶莫愁奔走天涯。和與紀曉嵐難得默契合作，強行挽留住了他的腳步。 中秋佳節，皓月當空，卷帙浩樊的《四庫全書》編纂工作大功告成，皇上應邀來閱微草堂，與兩情相悅的莫愁團圓依偎在一起。和、太后先后亦登臨紀府，異口同聲要求皇上回宮。正鬧得人仰馬翻之際，莫愁突然動產，生死攸關，太后以過來人的經驗竟擔當起接生婆的工作。 小皇子呱呱落地，眾從如釋重負。等著嗷嗷待哺的孩子，太后身上的母性復蘇，破天荒地承認了這是皇家血脈，一樁延宕多日，屢經曲折的姻緣終于名正言順，成為事實。 皇恩浩蕩，軍豪恢復狀元名號與小月重修百年之好，豐紳殷德亦接受賜婚，與十八格格結為夫妻。勞苦功高的紀曉嵐，則被賜賞了一桿金煙袋，作為“尚方寶劍”。從此，天下的貪官污吏任紀曉嵐敲打，天下的不平之事由紀曉嵐主持公道……"

小芳自首，表示自己殺死了姐姐。紀曉嵐責怪小月擅自將海升之事告訴小芳，將事態嚴重化。貴寧、賈三光天化日要劫走香兒，香兒在廝打中不慎撞死。當聽說逃走的打手是長了四指的任五，紀曉嵐豁然開朗。得知小芳就是昔日選秀時大鬧順貞門的人，乾隆派紀曉嵐和綿恩重審小芳。小芳公堂之上自欖罪責，紀曉嵐讓海升與其對質，海升與小芳爭相認罪，紀曉嵐與和珅陪乾隆去戒臺寺。方丈受紀曉嵐委托。將李二原本為一村夫野漢，卻因得到官宦輔佐而搖身一變成為活佛的真相告知乾隆。紀曉嵐發現任五藏匿在此。在豆腐坊無意中得知黃豆受潮發芽的力量足以頂動石頭而得出佛像破土而出是因為土中埋有黃豆的結論后，紀曉嵐找到綿恩，讓其派兵捉拿李二以及任五。