宇佐美過(guò)去曾殺害過(guò)被害者的孩子。而喝醉酒的宇佐美對(duì)事件記憶不清，這樣為案件辯護(hù)的英理看來(lái)沒(méi)有勝望。小五郎雖是想證明宇佐美的不在場(chǎng)證明，卻作為檢察官方面的證人出庭。對(duì)疑點(diǎn)懷有疑問(wèn)的柯南讓小五郎作為辯護(hù)方證人再次出庭，進(jìn)行了新的推理最終指出了犯人的真實(shí)身份。美真治的嫌疑終被洗清。

園子和小蘭差點(diǎn)被車(chē)撞了，由此認(rèn)識(shí)了那個(gè)司機(jī)吉野千惠。千惠抱怨最近老是頭昏，頭痛。而她的丈夫卻沒(méi)有提醒小心路上斷層的事情才導(dǎo)致了之前的驚險(xiǎn)。小蘭總覺(jué)得千惠丈夫的態(tài)度有些奇怪。在拜訪千惠家的時(shí)候小蘭她們得知千惠的丈夫?yàn)樗?gòu)買(mǎi)了一千萬(wàn)日元的保險(xiǎn)，疑團(tuán)逐漸增多。經(jīng)過(guò)調(diào)查，千惠丈夫的意圖最終暴露出來(lái)。

柯南等也到同一個(gè)餐廳吃飯，聽(tīng)說(shuō)與這幾個(gè)漁夫相約的人在海邊溺死了。伊豆海邊發(fā)生了殺人事件。柯南已經(jīng)確認(rèn)了犯人的真實(shí)身份并利用因?yàn)榕莸胶Ｋ餆o(wú)法確定死亡時(shí)間這個(gè)baga套出了犯人的話，面對(duì)現(xiàn)實(shí)，犯人最終承認(rèn)了自己的罪行。因?yàn)闅⑺懒俗约旱母赣H而懷恨在心，最終痛下殺手。但自己的這番行為卻得不到同伴的贊同發(fā)怒的兇手最終在小蘭的話語(yǔ)中認(rèn)識(shí)到自己的錯(cuò)誤。

少年偵探隊(duì)本來(lái)是跟著阿笠博士一起出來(lái)露營(yíng)，沒(méi)想到居然在森林中發(fā)現(xiàn)了一個(gè)鐘乳石洞穴，柯南四人立刻進(jìn)洞探險(xiǎn)，卻在這里碰到了一伙兒搬運(yùn)尸體的歹徒，而柯南為了掩護(hù)大家逃跑中彈受傷，之后，便血流不止，元太背著柯南尋找出口，可身后的歹徒也循著聲音疾步追來(lái)，失去了柯南的指引，少年偵探團(tuán)剩下的三人會(huì)采取什么樣的行動(dòng)？

茂木認(rèn)為小五郎是兇手而開(kāi)槍將他射傷，當(dāng)前來(lái)“黃昏別館”的所有名偵探都命喪黃泉時(shí)，電腦上居然出現(xiàn)了一行關(guān)于寶藏的信息，一直躲在監(jiān)視器操控室的神秘幕后黑手終于按捺不住露出了真面目，沒(méi)想到這個(gè)人居然是……柯南引導(dǎo)她說(shuō)出了整件事的真相，而這時(shí)，本應(yīng)死去的偵探們居然都出現(xiàn)在門(mén)口，可到底是怎么回事？這棟別墅的寶藏又是什么？