阿笠博士帶著少年偵探團(tuán)一起去參觀西田在家里建造的水族館時，遇到了旅行回來的西田的學(xué)生井村，他們用備用鑰匙進(jìn)了房子，沒想到光彥和元太竟然在廁所的浴缸里發(fā)現(xiàn)了西田的尸體，柯南注意到了死者脖子上的針孔、手指上的粘著劑、關(guān)閉的浴室電燈，并且還在步美的提醒下看到了水族箱里死去的蝦，這種種跡象表明西田是被人蓄意謀殺的，可是警察確認(rèn)為這是意外事件，就在他們準(zhǔn)備結(jié)案時，柯南說出了真相！

服部這次帶來的案件是五年前去世的犬伏集團(tuán)會長的養(yǎng)子女們接二連三離奇死亡的事件，而且據(jù)說案件是由身上纏繞火焰像犬一樣的魔物所造成的，因為其中一名養(yǎng)子跟和葉的母親是舊識，于是柯南和服部一起登門拜訪探聽詳細(xì)情況，沒想到對方的名字竟然是工藤伸一與工藤新一讀音相似，在他們詢問之前，伸一竟然被人設(shè)計成一氧化碳中毒而亡，之后，前來調(diào)查的警方從死者口中發(fā)現(xiàn)了一顆掉落的珍珠，這會是死者留下的死亡訊息嗎？

小五郎受到一個名叫立李三可的委托，帶著柯南和小蘭一起來到群馬縣調(diào)查真相，途中他們遇見了德備六朗和荒巖，并從他們口中得知了11年前有一個名叫辰彥的孩子在旅館附近的河中溺斃而亡的事件，這與信中所提及的殺人案有何聯(lián)系？辰彥父親同時也是約見地點光羅旅館的老板沼山伴藏也讓人覺得很怪異，次日清晨，滿身都是刺鼻氣味液體的伴藏死在了旅館的頂樓房間，難道是小蘭昨晚在河邊看到的河童下的毒手嗎？

從昏迷中醒來的陽菜趁父母爭吵之際悄悄溜出醫(yī)院，按照歹徒的指示去拿彩虹之子，而這一切都在柯南的預(yù)計范圍內(nèi)，他讓服部暗中進(jìn)行追蹤，期間，小蘭用她撿到的步美的徽章聯(lián)系上了少年偵探團(tuán)并暗示她所在的地點，雖然歹徒發(fā)現(xiàn)了服部等人，但柯南還是找到了陽菜和歹徒要去的地方，見勢不妙想要逃跑的歹徒被得到救援的小蘭一招制服，然而，幕后的指使者卻另有其人。

警方在將這三個嫌疑人分開偵訊之后，又在死者的包里發(fā)現(xiàn)了一把手槍和強盜集團(tuán)百鬼夜行留下的字條，并從小島權(quán)作的秘書那里得知，他舉辦此次活動是為了尋找殺死自己愛犬的同叫小島的強盜頭目，于是柯南利用與死者相同的方法找出兇手，雖然證據(jù)被銷毀，但他巧施妙計讓兇手自己主動承認(rèn)了罪行。