發(fā)燒的小哀醒過來發(fā)現(xiàn)阿笠博士倒在了電腦之前，正當(dāng)小哀以為教授被黑衣人殺害的時候發(fā)現(xiàn)只是誤會。之后柯南，小哀和阿笠博士去拜訪了哀的父親宮野博士的朋友出島。他們認(rèn)為他可能多少知道一點黑暗組織的以及哀父親的行蹤，但是出島也已經(jīng)30多年沒和宮野博士碰頭了。但是就是最近宮野博士女兒明美曾來拜訪過，正當(dāng)柯南，小哀尋找明美留在這里的物品時出島卻意外死亡！

妃英理律師與號稱美女檢察官的九條對簿公堂，本案的被告入室盜竊被屋主發(fā)現(xiàn)，當(dāng)他們扭打的時候，被告人不慎失手將屋主殺死，但九條卻認(rèn)為被告是蓄意謀殺，甚至想以強(qiáng)盜殺人的罪名讓被告入罪，面對咄咄逼人的檢察官，妃英理勢必會陷入一場硬戰(zhàn)。為幫助妃英理，柯南和小五郎前往案發(fā)現(xiàn)場重新調(diào)查，他們竟然在這里發(fā)現(xiàn)了一條關(guān)鍵線索。

這件兇案的最大疑點就是，兇手從這個亂七八糟的黑暗房間逃跑的時候，居然沒有發(fā)出任何聲響，而且門鎖也沒有被破壞的痕跡，由此看來，睡在死者身邊的穗島嫌疑最大，可穗島卻說唐田和根上也都有這間屋子的鑰匙，于是，警方找來這二人進(jìn)行偵訊，得知案發(fā)時兩人都沒有不在場證明，既然如此，嫌疑犯就有三人，這時，警方發(fā)現(xiàn)死者身上少了一顆紐扣以及地上的攝影機(jī)，查看過影像大家仍未發(fā)現(xiàn)有何異常，而那顆不翼而飛的紐扣就成了破案的關(guān)鍵。

少年偵探隊在調(diào)查連續(xù)闖空門事件的時候，一幢公寓里突然傳出女聲尖叫，原來這名叫細(xì)野的小姐在買回來的二手沙發(fā)里發(fā)現(xiàn)了一具女尸，警方懷疑是她就是兇手，但細(xì)野卻有不在場的證明，這時，她的鄰居德永先生剛好回來，他說昨天聽到細(xì)野房中有爭執(zhí)的聲音，為搜集更多線索，高木去了那家二手家具店調(diào)查，得知那個沙發(fā)其實是從細(xì)野家附近的垃圾堆撿到的，一切又回到原點，就在大家一籌莫展時，光彥說他知道誰是兇手……

元太、光彥、步美目擊殺人事件。3人看見犯人要乘坐輕型卡車逃走，便潛入卡車跟蹤并聽見挖掘洞穴及埋東西的聲音。次日，柯南與小五郎造訪卡車的所有方的倉田運(yùn)輸，開始調(diào)查。在調(diào)查之后眾人并沒有找到可疑的地方，之后柯南提議首先找到兇手隱藏尸體的地方，在不斷的尋找之后少年偵探團(tuán)的各位終于找到藏尸的地方而正在這時兇手出現(xiàn)，在眾人的齊心努力下，兇手終于被制服。