在參加大學(xué)校慶的柯南和小蘭等人遇到了殺人事件，就在警官要判定為自殺事件的時(shí)候，在柯南的引導(dǎo)下警方判斷此次為他殺事件。而安菜在小蘭她們進(jìn)來(lái)之前已經(jīng)死亡，但此時(shí)如何讓桌子擺動(dòng)的事情成為了破案的關(guān)鍵，而表演時(shí)站在安菜周?chē)娜顺闪酥攸c(diǎn)懷疑對(duì)象。經(jīng)過(guò)對(duì)現(xiàn)場(chǎng)的調(diào)查柯南很快發(fā)現(xiàn)了犯人的犯罪手法和犯人的身份，在確鑿的證據(jù)面前犯人最終承認(rèn)了罪行，并說(shuō)出了殺死安菜的理由。

意外的是門(mén)把上留下的指紋竟然是諸伏高明警官的部下，為找尋更多線索，大和刻意讓柯南跟著高明警官去曾經(jīng)住在別館里的翠川尚樹(shù)、山吹紹二、百瀨卓人和直木司郎家進(jìn)行詢(xún)問(wèn)，高明警官謊稱(chēng)在門(mén)把上檢驗(yàn)出他們的指紋來(lái)觀察他們的反應(yīng)，不所料直木司郎聽(tīng)說(shuō)了這件事之后神色緊張，就在大家以為他是兇手，準(zhǔn)備進(jìn)一步進(jìn)行調(diào)查時(shí)，直木司郎被人殺死，而他家里的其中一面墻壁被涂成了紅色。

小五郎受邀來(lái)到Nijimura品牌店，卻正好目擊社長(zhǎng)仁地村被人綁架的畫(huà)面。社長(zhǎng)的妻子兼副社長(zhǎng)沙希，按照綁架犯的要求帶著一億贖金搭電車(chē)解救人質(zhì)，就在電車(chē)開(kāi)往中戶(hù)呂鐵橋的時(shí)候，沙希按照指示將包包從窗戶(hù)丟到河里，而此刻正趕上泄洪，包包隨著增加的河水被沖走，待警方在五公里外的河岸發(fā)現(xiàn)時(shí)，贖金已經(jīng)被犯人拿走，而社長(zhǎng)仁地村也被殺害。雖然事情已經(jīng)結(jié)束，但柯南和小五郎卻重返現(xiàn)場(chǎng)進(jìn)行調(diào)查，并發(fā)現(xiàn)……

園子的網(wǎng)球教練后藤貴雄即將參加比賽，為了給他加油打氣，園子和小蘭來(lái)到了北輕井沢，柯南去廁所的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)后藤與兩名女生糾纏不清。沒(méi)想到他在和園子進(jìn)行男女混合雙打時(shí)突然昏倒在球場(chǎng)上，警方介入調(diào)查并初步斷定后藤被人下了毒，由于鑒識(shí)人員在園子手套上檢測(cè)出毒物反應(yīng)，所以山村警官認(rèn)定園子就是兇手，為幫園子洗清冤屈，柯南又會(huì)有何行動(dòng)？

柯南用變聲領(lǐng)結(jié)將其中一名搶匪引到廁所并和大家一起將他制服，根據(jù)茱蒂老師提供的線索即搶匪注重時(shí)間以及讓認(rèn)識(shí)的人互相捆綁這兩點(diǎn)，柯南推斷出了搶匪的目的以及他們的逃跑計(jì)劃，于是，少年偵探團(tuán)在柯南的指揮下相互配合，爭(zhēng)分奪秒的把即將爆炸的炸彈送進(jìn)電梯里，之后，柯南又將計(jì)就計(jì)把混在人質(zhì)中剩下的三名人質(zhì)揪了出來(lái)，本以為一切就此結(jié)束，沒(méi)想到……