柯南和阿笠博士從板倉的日記磁片中果然找到了他與黑暗組織接觸過的線索，這讓柯南興奮不已，于是兩人立馬趕往板倉的別墅，企圖找到板倉所開發的系統軟體和黑衣組織發來的郵件，然而，讓他們沒想到的是，郵件竟然有密碼，如果在一定時間內沒有打開，郵件將自動刪除，而這將引起黑衣組織的懷疑，這時，屋內的電話響起，從另一邊傳來沃克質疑的聲音，柯南和阿笠博士該如何應對？

在木山家具社長馬鳥宅留宿的柯南他們，在他自傲的石庭中部發現橫躺著的被絞殺的馬島社長。犯人恐怕在出席晚餐的4人中。但是，如何不留足跡將尸體運到庭院中部？此時小五郎說他已經明白了，但實驗失敗，理論不成立。在調查了攝影展招待卷后柯南推理出犯人的正式身份和犯罪手法來。在不容質疑的證據面前兇手最終坦白了罪行。

少年偵探隊為幫白鳥警官報仇，堅持留下來和警察一起進行破案，根據歹徒留下來的警告信，警方認為炸彈就安在紅色的電車上，可是費盡力氣找到的全都是用來混淆視聽的假炸彈，如果找不到炸彈,住在東京區的1200萬居民都將成為人質，柯南再次仔細琢磨這封警告信，發現歹徒所指的地方就是東都塔，并且那里也已經發生了一次小型爆炸。高木警官和柯南沖入東都塔，成功將困在電梯的女孩解救，但他們兩人就沒有那么幸運了，柯南發現裝在炸彈上的水銀汞柱已經啟動！

小五郎、柯南和小蘭接受工務店社長河井的款待，來到屋形船。河井包下了整艘船，加上另外一位客人山崎后，小船出港了。小船停在了米花港的中段位置，柯南他們一邊欣賞著對岸的夜景與焰火，一邊品嘗美味佳肴；而河井與山崎則在船頭釣魚。熱衷于釣魚的山崎脫去襯衫，擺出跑步的姿勢，赤腳握著釣魚竿。。煙火大會第一部結束，夜空變黑的時候發現倒下的河井與山崎。河井尚有意識站起，而山崎則觸電死亡。

在警方調查的過程中，他們還在下鴨的房間發現了一盤由絹川和輝主演的錄影帶，本來想看看其中有什么線索，不想小五郎和橫溝警官還很入戲的看完了，但柯南卻注意到了被他們所忽略的細節，這時，有鑒識人員說兇手在勒死下鴨之前曾用蓬蓮頭敲打他的頭部，柯南根據這些判斷出兇手是誰以及她所使用的兇器，之后，他又使用老方法將小五郎麻醉，在指示了橫溝警官做好相應準備后，一場精彩的推理就要開始了！