半年前銀狐在完成了一件不露痕跡的暗殺后，消失匿跡。某日，一個(gè)叫潮文造的房屋中介公司社長，來事務(wù)所委托小五郎找出銀狐，接受了他的委托后，柯南和小蘭也隨他們一起來到丹原山，進(jìn)行登山活動(dòng)，同行的還有五個(gè)登山者高梨恒、平井健一，能勢新吾、三枝恭子和河邊晃，而銀狐很可能就在其中，第一條命案很快就發(fā)生了，當(dāng)晚，小五郎也遭到襲擊……

在醫(yī)院醒過來的小蘭看到麻美平安無事便和園子一起出去買東西，但等她們回來之后卻發(fā)現(xiàn)麻美不見了。另一邊，柯南還在為找出事故原因向消防員詢問現(xiàn)場狀況，并下山去沢井等人去的便利商店詢問當(dāng)時(shí)他們買東西的場景，在老板指出有一人行動(dòng)奇怪后，柯南便知道了放火就是那個(gè)人！

原來幸田把從寶石店里偷來的寶石分散埋在了綿貫家的院子里，而警察追過來時(shí)幸田稱寶石被埋到了院子里而警方則不得不挖開整個(gè)院子。但警察在挖掘后并沒有發(fā)現(xiàn)尸體。少年偵探團(tuán)的各位在調(diào)查了綿貫家附近之后發(fā)現(xiàn)了綿貫殺害早苗的事實(shí)和藏尸的地點(diǎn)。在少年偵探團(tuán)們的的指引下警方最終找到了早苗的遺體，而遺落的大波斯菊的種子最終說明了早苗鎖在的地點(diǎn)。

為了找尋灰原存有藥物資料的磁盤，柯南一行找到了她姐姐明美的老師廣田教授，趕到時(shí)卻發(fā)現(xiàn)教授死在一個(gè)密封的室內(nèi)，經(jīng)過鑒識(shí)認(rèn)定是后腦勺遭到重物撞擊而死，但這其實(shí)是一件蓄意殺人案，可疑人物鎖定在白倉、細(xì)矢和盛岡三人身上，就在柯南的推理遇到瓶頸時(shí)，灰原的一句話點(diǎn)醒了他，他用阿笠博士的聲音道出真相。

少年偵探團(tuán)在廢棄大樓為園游會(huì)練習(xí)的時(shí)候，逃逸的嫌犯在佐藤和高木兩位警官的追擊下闖了進(jìn)來，嫌犯從屋頂逃到隔壁的美術(shù)館，但佐藤警官還是在廁所將他逮捕，但由于操作失誤，她將自己和歹徒都用手銬銬住無法自由活動(dòng)，嫌犯東田聲稱他是無辜的，逃跑完全是為了參加女兒的婚禮，最后佐藤警官?zèng)Q定讓高木和少年偵探團(tuán)在一定的時(shí)限中找到真兇。