暮目警官趕來(lái)寺院展開(kāi)調(diào)查，就在大家一籌莫展準(zhǔn)備離開(kāi)時(shí)，獨(dú)自調(diào)查的柯南從被強(qiáng)大力量打破的墻壁、切口變形的走廊木板、被丟在樹(shù)林里的角窗碎片和膠帶中洞察到了兇手的犯案手法，以及兇手就在四個(gè)修行僧當(dāng)中，他用阿笠博士給他的紐扣擴(kuò)音器道出真相，而兩年前以同樣手法殺死修行僧忠念的居然另有其人。

經(jīng)過(guò)小五郎和警察和志的勘查，推斷出由美并非自殺而是他殺，小五郎也下定決心要為由美報(bào)仇親手揪出犯人，并將目標(biāo)鎖定在阿淳、和志、行雄和紀(jì)子剩下的朋友中，這時(shí)，阿淳說(shuō)自己曾在五點(diǎn)的時(shí)候看到過(guò)由美，案件出現(xiàn)了矛盾，死于下午三點(diǎn)的由美怎會(huì)在五點(diǎn)的時(shí)候出現(xiàn)，這到底是鬼魂還是兇手為了蒙蔽大家采取的手段？

關(guān)西的名高中生偵探服部平次，為了合氣道比賽而來(lái)到帝丹高中。工藤新一與平次雖然沒(méi)見(jiàn)過(guò)彼此，在心里卻把對(duì)方當(dāng)成對(duì)手，可是表面上又裝出完全不在乎對(duì)方的樣子。後來(lái)平次在去帝丹高中的路上碰到搶匪，與毛利蘭一起在回家途中的新一，也一起幫忙追搶匪。後來(lái)是靠新一踢足球擊中搶匪，不過(guò)也同時(shí)打破一間民宅的玻璃，而里面還傳出女人的凄厲尖叫聲...

小五郎骨折住院，某天夜晚他看到對(duì)面的房間有殺人的黑影，匆忙趕去后，卻發(fā)現(xiàn)屋里什么都沒(méi)有，接下來(lái)的幾天，發(fā)生了同樣的事情，主治醫(yī)師白井說(shuō)可能是因?yàn)槠诙a(chǎn)生的幻覺(jué)，但柯南卻認(rèn)為事件沒(méi)那么簡(jiǎn)單，他陪夜的當(dāng)晚也看到了殺人場(chǎng)景，兩人一起跑出去，當(dāng)他趕到小五郎身邊時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)小五郎已昏倒，旁邊還躺著已經(jīng)死去的江藤醫(yī)生，小五郎就這樣糊里糊涂的成了「殺人兇手」……

這個(gè)從天而降死亡的人是江源，但從領(lǐng)結(jié)和皮帶等細(xì)節(jié)可以看出暗夜公爵并不是江源，警察去江源房間搜查時(shí)，發(fā)現(xiàn)房門居然上有防盜鎖，兇手把江源推下后是怎么逃脫的？在警察對(duì)其他人偵訊時(shí)，暗夜公爵將看守江源尸體的空手道高手打昏，還出現(xiàn)在了柯南、小蘭和佐山面前，并完全躲開(kāi)了小蘭攻擊，難道說(shuō)兇手就是……