福康安來勢洶洶，必欲加害紀曉嵐，不想迎面而來的竟是當今圣上，原來，太后、皇上一行已返回京城。紀曉嵐撫琴，小月吟唱，一曲《葬花吟》令人蕩氣回腸。紀曉嵐抓住時機，對紅樓極盡贊美之詞，并聲明《石頭記》就是《紅樓夢》，作者蒙受了不白之冤。使曾下令禁毀此書的皇上格外為難。 太后鐘情“紅樓”，紀曉嵐將書稿送入慈寧宮，并讓湘云伴讀，有了太后庇護，此書當逃被毀厄運。 皇上就書中是否有反清復明的傾向征求和、福康安意見，和受陳未元賄賂，建議改寫后四十四，以符合人倫禮教。 太后對紅樓人物津津樂道，每日與湘云品書說書，湘云天真，指望太后能幫她擺脫與陳未元的不幸婚姻，拂逆了其骨子里的三綱五常，被請出宮門。紀曉嵐利用和貪贓受賄，心中有鬼的心理，寧可放棄被之霸占的三幅字畫珍品，要求和出面，向陳未元施加壓力，給湘云自由。 太后聽信讒言，將湘云發配與其夫陳未元離京回原籍，紀曉嵐萬不得已，懇請皇上，他的坦蕩襟懷，至性至性終于感動了上蒼，然而一切都太晚了，湘云在百般痛楚中已自刎身亡。

為避免和珅從中舞弊，紀曉嵐自薦調查此事。紀曉嵐推薦不畏權勢的海升進行調查。和珅讓劉三盡快將煤窯脫手，劉三似有難言之隱。小月假扮皇室之人，與海升進山察探，表示要買下煤窯并約劉三在酒樓詳談。劉三得知后暗自慶幸，迫不及待地前去和海升商談買賣煤窯之事，被早已等候于此的紀曉嵐捉拿歸案。和珅表示自己查出劉三是開窯之人，并要求紀曉嵐從嚴查處，以示自己秉公執法。眾人規勸海升看在和珅的面上放過劉三，以給自己留后路，海升堅持要秉公處理，和珅擔心劉三供出真正的幕后主使而連累自己，于是命劉三服毒自盡。海升欲繼續調查，卻得知劉三已死并被家人拉回老家埋葬。

乾隆拜祭顏驥，碰到女扮男裝的如玉。乾隆對如玉的見解產生興趣。這時殺手趕到，乾隆挺身相救，并帶如玉從樓上一躍而下逃脫了追殺。紀曉嵐想到往年和珅都請自己給太后寫祝壽賦，于是想借此來向和珅交換煙桿。誰知和珅拿出戴沾的祝壽賦來賣弄，紀曉嵐仔細看過后指出賦中暗藏對太后不敬之辭，和珅氣急敗壞。御醫為如玉療傷，卻發現如玉實為女兒身。得知紀曉嵐將賦中暗語告訴和珅，戴沾痛斥紀曉嵐。紀曉嵐苦口婆心規勸戴沾不要因一時沖動而葬送終生，兩人盡釋前嫌。乾隆下旨除去紀曉嵐《四庫全書》總纂官的職務，和珅幸災樂禍。如玉醒來得知乾隆身份大驚。乾隆佯裝不知如玉為女兒身，邀其共眠，如玉百般推辭。乾隆裝睡，如玉想到乾隆賜死全家，欲殺乾隆報仇，但想到自己為乾隆所救又不忍下手，痛苦之時想一死了之，被乾隆攔下。乾隆心下斷定如玉與顏驥有關。和珅指使同為編纂官的馮大人到獄中探望戴沾，馮慌稱要把戴沾的手稿編纂成冊，卻暗中將手稿交給了和珅，以換取自己落在和珅手中的罪證。乾隆帶如玉前往四庫館。如玉盡顯才學，被乾隆指派到四庫館修書。

紀曉嵐夜讀時又接到被扔進窗子的紙條，上面寫有郭天的消息，紀曉嵐懷疑黑衣人正是張了了。紀曉嵐夜探郭天，得到通報的和珅與盧焯眼見沒有退路，只得慌忙扮成囚犯躺在隔壁囚房。乾隆看到瑤琴乘坐的馬車很是欣喜，不料落入盧安的圈套，也被一同押走。乾隆三人被關在洞中，外面重兵把守。乾隆佯裝自殺以騙過盧安，再見機救出瑤琴。紀曉嵐終于醒悟，誓要擺脫情感糾葛，全力調查國庫虧空一案。紀曉嵐扮作江湖郎中，偶遇掌管賬本的宋司庫，以自己掌握的情況博得宋司庫信任，并抓住其惶恐的心理，以消災為由取得真賬本。和珅模不透紀曉嵐葫蘆里賣的是什么藥，便決定先下手為強，命盧安將瑤琴押回杭州以要挾郭天認罪，卻沒料到乾隆在盧安即將動身時救出瑤琴。

了凡記錄下來的涉及徇私舞弊的人員名單顯示敏德正是首貪。看到確鑿證據，乾隆下令抓捕敏德。收到和珅的消息，敏德連夜逃走。紀曉嵐建議乾隆從嚴查處涉案人員以警示世人，并重新閱卷以示公正。趙新進看到自己榜上有名，欣喜不已。敏德借和珅之名要見紀曉嵐，紀曉嵐不知有詐，被敏德襲擊。關鍵時刻，趙青救了紀曉嵐一命，自己卻受傷。乾隆下令斬首敏德，并決定重開恩科。和珅依然擔任主考官。紀曉嵐帶小月去專賣應考用具的“連升店”，看到無奇不有的作弊工具，還有一間名為“獨占鰲頭”的書院。