小五郎和柯南在租賃衣服的地方遇到了三個(gè)準(zhǔn)備參加化妝派對(duì)的年輕人，在他們盛裝打扮準(zhǔn)備去主辦人主編那里之前，還收到了一封主編打扮成小丑模樣的mail。只是誰(shuí)也沒(méi)想到，當(dāng)他們到達(dá)主編家后，卻發(fā)現(xiàn)主編橫尸家中，最可疑的就是曾來(lái)這里偷盜的小偷，可他卻說(shuō)自己來(lái)的時(shí)候，人就已經(jīng)死掉了，柯南認(rèn)為還有一些地方無(wú)法合理解釋，于是他獨(dú)自調(diào)查，并在陽(yáng)臺(tái)發(fā)現(xiàn)了人造毛發(fā)，這么說(shuō)，兇手應(yīng)該就是那個(gè)人。

柯南和小蘭跟著小五郎一起來(lái)到鹿兒島，隨后三人就立即就去拜訪一個(gè)叫高隈的制酒廠，酒廠老板娘白石扶美子帶著這三人四處參觀的時(shí)候，卻不幸發(fā)生了意外，大家在董事辰村慎介的家中發(fā)現(xiàn)地上留有一灘血，而他本人也知了去向，經(jīng)過(guò)兩天的尋找辰村的尸體在公園里被人發(fā)現(xiàn)，而酒廠的所有人都成了此次案件的嫌疑人。

如果想要找到大寶石就必須先尋得與瓊曲玉 八咫鏡齊名的第三件神器——草雉劍，離開(kāi)了骷髏遍地之所，一伙人來(lái)到了一處地下溫泉，元太無(wú)意中按中的按鈕讓溫泉向外流出，這時(shí)，眼前出現(xiàn)了一個(gè)洞穴，不出柯南所料，草雉劍就在這里，上面還刻有“龍”字，根據(jù)三件神器所刻的“永”“炎”“龍”，柯南推斷出了大寶石的所在，然而，取出寶石之后，卻發(fā)生了……

與黑衣組織的戰(zhàn)斗告一段落，又回到了平靜的生活。某天，少年偵探隊(duì)獲知同樣就讀帝丹小學(xué)的雨宮翔子突然消失，據(jù)說(shuō)她和灰原十分相像，莫非黑衣組織的魔爪已經(jīng)深入學(xué)校？為找到翔子，放學(xué)后大家展開(kāi)了調(diào)查，期間還遇到神色可疑的老師，之后一行人找到了翔子失蹤前來(lái)過(guò)的便利店，并得知她在這里買了飲料、牛奶和小刀片，就在柯南他們百思不得解時(shí)，由美出現(xiàn)……

茱蒂用槍破壞了附近的灑水器，隨意噴灑的水讓所有人都以為下起了雨，大家紛紛拿傘遮雨，這無(wú)疑讓躲在樓頂?shù)木褤羰譄o(wú)法射擊，此次計(jì)劃也只好暫時(shí)取消。之后，柯南讓阿笠博士和灰原先離開(kāi)并讓他們保護(hù)好小蘭和小五郎，他和茱蒂坐上了詹姆斯的車?yán)^續(xù)進(jìn)行追蹤，并得知今恩他們將在VaneB進(jìn)行暗殺，柯南推斷Vane B就是鳥(niǎo)矢大橋。