柯南、小五郎和小蘭一起到神話故鄉出云旅游，并在這里認識了兩情相悅卻無法在一起的江角榮子和福間良介，次日，警察在豬目洞窟發現了江角的未婚夫鱷淵的尸體，經過篩選，具有殺人動機的有四個人，除去江角、福間還有藤江和石飛，有目擊者說曾見過福間出現在案發現場，可福間卻對此沉默不語像是在保護什么人，而江角也和福間出現相同的情況，為證明二人的清白，柯南能找到什么樣的證據？

隔壁班的女生百合子找到少年偵探團，拜托他們解開她從未謀面的曾祖父所留下的謎題，于是，大家在一位身份不明自稱是時鐘的男人的帶領下來到了謎題的所在——天使之館，當晚九點，解謎游戲正式開始，元太和光彥、步美和灰原都在別館的不同地方發現了謎題中的無角牛，可是卻沒有更進一步的發現。次日，柯南從另外一個角度思考謎面，并成功找到了第一個線索，沒想到這時卻……

柯南和元太等人在外玩耍時，遇到了三個對蜘蛛很有研究的人，于是大家興致勃勃的觀看浦崎所飼養的毒蜘蛛，這時，系川打電話給新野教授，可對面卻傳來一聲慘叫。待大家到達研究所時，教授已經身亡，雖然柯南在現場發現了毒蜘蛛，卻并沒有找到相應的血清，并且他還發現有人對電話動了手腳，由此判斷教授并非死于意外，這是一起謀殺案件，與教授相識的這三名蜘蛛愛好者都有殺人的動機，兇手一定就在他們之中。

這天小五郎回到事務所后小蘭告訴他說說英理前來拜托希望在她出門的這段時間里可以把這只名叫五郎的俄羅斯藍貓寄養在事務所。小蘭把貓咪五郎托給小五郎照料后便去上學了。在她走后，有一個自稱為桐下的男人來到了事務所。桐下拜托小五郎幫忙解讀自己女兒誤發來的手機短信。因為短信的內容像是什么暗號，桐下無法破解其中的含義。而在貓咪的提示之下小五郎也發現了暗號的意義。

柯南、步美等人在阿笠博士的帶領下，來到假面超人的拍攝現場，不巧正好碰上攝制組休息，在這期間不時能聽到陣陣的爭吵聲，劇組工作人員深町堅決反對特效演員力石表演危險動作，可是力石卻倔強的想要證實自己的實力，結果在表演中發生了意外，他的車子沖破柵欄從樓頂摔了下來，力石當場死亡，當所有人都為這場意外感到惋惜時，柯南卻看出了這是巧妙布局的殺人事件。