紅色噴漆事件是近期發(fā)生的惡性連續(xù)破壞車(chē)輛案，沒(méi)想到千葉警官的車(chē)子也遭到毒手，接到報(bào)警電話和由美警官一起趕來(lái)的女警新人竟然就是千葉警官的初戀情人淼子，知道這些的柯南等人順?biāo)浦圩屒~和淼子一起調(diào)查此案，想要借此機(jī)會(huì)讓遲鈍的千葉回想起來(lái)，而在兩人調(diào)查的地下停車(chē)場(chǎng)內(nèi)卻發(fā)生了追撞事故，而這次事故似乎與紅色噴漆事件有著關(guān)系。

毛利一家和柯南想要去的餐館正在施工，很多以前的建筑都被重建或者改造，正當(dāng)毛利感嘆的時(shí)候工地里傳來(lái)了很大的聲音。建筑器材的散落發(fā)生了命案，被壓在鋼管底下的是朱古先生，而捆綁鋼材的帶子上有被割過(guò)的痕跡。最有可能作案的便是在場(chǎng)的三人，而這三個(gè)人都有作案動(dòng)機(jī)，在檢查了命案現(xiàn)場(chǎng)后柯南有了線索。

少年偵探團(tuán)利用連休來(lái)到了京都，他們是為了乘坐神盾艦體驗(yàn)航海的樂(lè)趣，但跟著他們一起前來(lái)的園子、小蘭和小五郎卻對(duì)小吃和酒更感興趣。京都的日式甜點(diǎn)是小蘭非常喜歡的甜點(diǎn)，但她購(gòu)買(mǎi)的老店中卻沒(méi)有了巧克力口味，慌忙跑進(jìn)來(lái)的社長(zhǎng)竟然稱(chēng)所有分店的巧克力口味都憑空消失了，聽(tīng)到小五郎名號(hào)的社長(zhǎng)急忙拜托調(diào)查。

柯南用收據(jù)做出的特殊暗號(hào)被貓咪帶去保羅咖啡廳的時(shí)候被風(fēng)吹走了，在冷柜的他們情況很不樂(lè)觀，不能坐以待斃的他們又更改了送往阿笠博士家蛋糕的收獲地址，察覺(jué)到異樣的昴先生郵寄手機(jī)給貨柜里的柯南，但這一手法卻被犯人發(fā)現(xiàn)了。讓柯南沒(méi)有想到的是，前來(lái)解救他們的竟然是看到特殊暗號(hào)收據(jù)的波本。

少年偵探團(tuán)在幫助真央尋找小狗的時(shí)候遇到了千葉和高木，偽裝成小五郎聲音的柯南從目暮警官哪里得知了發(fā)生的事件，中午左右的兩起爆炸事件的嫌犯已經(jīng)抓住，但裝有最后一枚炸彈的狐貍宅便車(chē)卻被毫不知情的劫犯搶走，而真央的小狗正是在這個(gè)被劫走的車(chē)?yán)铩榱朔乐挂馔庠俅伟l(fā)生，柯南帶領(lǐng)著少年偵探團(tuán)們一起尋找車(chē)子的下落。