少年偵探團(tuán)的理科自由研究作業(yè)是拍攝鎮(zhèn)子的全景照片，為此阿笠博士帶他們來(lái)到云丸山露營(yíng)，在山中小屋他們遇到了正在爭(zhēng)吵的四人，而三年前意外去世的元木是他們爭(zhēng)吵的焦點(diǎn)。爭(zhēng)吵過(guò)后岳美負(fù)氣離開(kāi)睡在了懸崖底下，半夜的時(shí)候榮子等人為三年前因意外去世的元木默哀，正好醒來(lái)的柯南見(jiàn)證了這一幕，但在第二天元太卻發(fā)現(xiàn)山下的岳美小姐倒在了血泊中。

小五郎帶蘭和柯南來(lái)到東京附近的度假山莊放松，在那里遇到了同樣來(lái)休閑的女大學(xué)生三人組。小五郎伴著美景喝了許多酒，正當(dāng)他昏昏欲睡之時(shí)，河邊突然出現(xiàn)了異變。河水突然變紅，順?biāo)戮尤挥幸痪呤w飄了過(guò)來(lái)，小五郎立刻清醒跳河救人，等打撈上來(lái)后大家驚覺(jué)這居然是剛才的女大學(xué)生之一的秋葉夕子。

平次與和葉邀請(qǐng)小蘭和柯南一起去看彩燈，在等小蘭與和葉準(zhǔn)備晚飯的期間，平次和柯南去樓下的白羅咖啡館打發(fā)時(shí)間，不料卻恰好遇到了一起殺人未遂的案件。受害者雖沒(méi)有生命危險(xiǎn)，但血跡卻濺到了柯南和平次的臉上，二人本以為可以通過(guò)血跡找到真兇，萬(wàn)萬(wàn)沒(méi)想到店內(nèi)的幾個(gè)客人身上均未發(fā)現(xiàn)血跡。正當(dāng)案件調(diào)查一籌莫展時(shí)，店內(nèi)一名自稱和田進(jìn)一的男子突然念起一首和歌，平次和柯南馬上明白了此人的用意，并合力找出了真兇。

外出露營(yíng)的少年偵探團(tuán)為了避雨來(lái)到了一棟別墅，別墅內(nèi)的男傭人告訴大家最近房間內(nèi)有幽靈出現(xiàn)。在交談中，柯南等人得知?jiǎng)e墅的女主人不久前剛剛?cè)ナ?，而男主人則認(rèn)為幽靈是女主人回到了家中。關(guān)于出現(xiàn)幽靈一事，女傭人似乎顯得十分不適，而男主人的侄子似乎行跡也有些奇怪?？履喜煊X(jué)到幽靈之事必有蹊蹺，決心與少年偵探團(tuán)一同查明真相。

柯南所在的班里來(lái)了一位新老師名叫若狹留美，若狹老師想在體育課前用石灰畫(huà)線，卻發(fā)現(xiàn)石灰已經(jīng)用完了?？履细嬖V若狹老師舊倉(cāng)庫(kù)里可能有石灰，元太和光彥開(kāi)玩笑說(shuō)舊倉(cāng)庫(kù)有幽靈出沒(méi)，若狹老師感到很害怕，便拜托少年偵探團(tuán)一同前往舊倉(cāng)庫(kù)。在尋找石灰的過(guò)程中，柯南發(fā)現(xiàn)一扇通往地下的門(mén)，眾人合力打開(kāi)門(mén)后，卻驚人地發(fā)現(xiàn)了一具骸骨……