柯南和小伙伴們在河里抓魚時(shí)，發(fā)現(xiàn)對面的樓頂有人在射擊河上的氣球，并看到狙擊手像是被人脅迫了一樣，待那些人離開之后，柯南和伙伴們在對面的樓頂找到了留有3135134162數(shù)字的計(jì)算器，之后柯南便對著這些數(shù)字苦思冥想，認(rèn)為求救者留下的162就是指162國道，找到相應(yīng)的路段后，警察布好埋伏，卻不見犯人身影，焦急等待的柯南突然意識到了暗號的真正含義。

柯南和伙伴們?nèi)ッ佬g(shù)館時(shí)撿到了一張畫有奇怪符號的紙，大家自行成立少年偵探團(tuán)去調(diào)查這些暗號，按照符號的指示先到達(dá)東京塔，在周圍展開偵查卻一無所獲，休息的時(shí)候步美的新發(fā)現(xiàn)為柯南找到破解暗號的出口，大家一路尋找從東京鐵塔到南部水族館的標(biāo)記，然而，事情并非那樣順利，柯南能破解暗號嗎？暗中跟蹤少年偵探團(tuán)的黑衣人又是誰？

小五郎等人代替感冒的阿笠博士到伊豆參加推理之旅?；顒右?guī)定，如果能夠找出推理之旅的主辦人就可以免費(fèi)住宿并可獲得一個(gè)包含某種病毒程序的磁盤。但是在旅途中不知什么人扮成暗夜公爵把柯南從欄桿上推了下去！之后柯南打電話詢問阿笠博士關(guān)于程序的事情得知了病毒的事情。晚餐后回房間時(shí)柯南和小蘭偶遇和明子發(fā)生口角的前田并被前田邀請卻觀看夜景。就在這時(shí)暗夜公爵卻墜樓生亡！

柯南為保護(hù)小蘭扭傷了腳，為安全考慮，大家決定集中到餐廳等待天亮。突然屋內(nèi)停電，黑暗中，繃帶怪人再次出現(xiàn)攻擊小蘭，但被小蘭躲開?？履细鶕?jù)目前找到的線索，確定兇手就是電影社部員中的其中一人，在想通了兇手為何多次襲擊小蘭的原因后，他將園子麻醉，借助園子之口，道出真相和兇手。

小五郎應(yīng)畫家花岡之邀前來談話，可是等了許久仍沒見到花岡的身影，就在小五郎生氣要離開時(shí)花岡出現(xiàn)，與此同時(shí)，另一位住在對面的女插畫家蝶野打來電話說要自殺，柯南等人親眼看到蝶野從樓下墜落，趕到現(xiàn)場時(shí)蝶野已死，而這個(gè)看似自殺的案件其實(shí)是他人謀殺，兇手就是花岡，可蝶野從樓上跳下時(shí)，花岡正和大家在一起，他到底是怎么做到的？