這天是米花大學(xué)的校慶，小五郎作為畢業(yè)嘉賓帶著柯南，小蘭和園子前來(lái)參加。這是米花大學(xué)學(xué)生辻榮尊座邀請(qǐng)小蘭來(lái)幫忙看看僵尸表演是否到位。之后柯南，小蘭和園子在尊座和貴士的帶領(lǐng)下參觀了他們?cè)O(shè)計(jì)的絕叫病棟，就在被他們精湛的設(shè)計(jì)和表演嚇到的同時(shí)發(fā)現(xiàn)成員之一安菜沒有按計(jì)劃起身嚇人，走進(jìn)之后發(fā)現(xiàn)安菜已經(jīng)中毒身亡！隨著調(diào)查的深入，一個(gè)月之前橋口中毒身亡的事情也逐漸浮出水面。

殺人案件發(fā)生之后，警方立刻調(diào)查旅館中所有人的不在場(chǎng)證明，與此同時(shí)，小五郎等人分別進(jìn)入德備、荒巖以及野平的房間，查看他們是否有能夠運(yùn)送液體的容器，期間，身為畫家的德備提議把小蘭所看的到的河童畫下來(lái)，就在大伙聚在德備房?jī)?nèi)研究河童時(shí)，柯南發(fā)現(xiàn)了關(guān)鍵線索，他將大談外星人理論的山村警官麻醉，說(shuō)出了事情的真相，至于小蘭看到的河童，那不過(guò)是……

這天小五郎帶著柯南和小南外吃吃飯，回家的途中遇到故意向須坂和中北的汽車，柯南用自己的充氣足球阻止了再次撞向兩人的汽車。作為答謝片寄邀請(qǐng)小五郎一行來(lái)到家里，而小五郎他們?cè)陂T口碰到了發(fā)生口角的野笛和荻人。柯南和中北一起在院子里玩耍時(shí)發(fā)現(xiàn)倒地身亡的片寄爺爺！而在調(diào)查過(guò)程中須坂拿出了老爺讓保管的鑰匙，而盒子里留下的卻是一封暗號(hào)信。

天來(lái)到公園驚醒樂(lè)隊(duì)指揮訓(xùn)練的步美總是會(huì)遇到一個(gè)奇怪的人，這天在少年偵探團(tuán)的各位陪同下步美又一次遇到這個(gè)醉酒的跟蹤狂。第二天當(dāng)她們?cè)俅蝸?lái)到這里時(shí)卻發(fā)現(xiàn)這個(gè)叫做與田的男人的尸體！看似是醉酒事故，但在詢問(wèn)了死者的同事之后得知死者恐高的事實(shí)。最終在調(diào)查現(xiàn)場(chǎng)后柯南確定了此次是殺人事件并找出了兇手的真實(shí)身份。

差點(diǎn)被警察發(fā)現(xiàn)的柯南和大嶺及時(shí)被阿笠博士帶走，之后小五郎也趕到阿笠博士家，聽完柯南的分析，大家決定先找到大嶺當(dāng)時(shí)所使用的空包彈手槍，被柯南找到的手槍成為了大嶺洗清嫌疑的關(guān)鍵證據(jù)，接下來(lái)就是尋找將罪名嫁禍給大嶺的真兇，柯南再次前往遭到槍襲的地下室，并在這里發(fā)現(xiàn)了兇手留下的線索，為了讓兇手自己露出馬腳，柯南計(jì)劃了一出好戲……