小蘭、園子和柯南在打掃工藤家的房子時(shí)，門鈴?fù)蝗豁懫穑@個(gè)人正是出演女高中生偵探小雪的上戶彩，她急匆匆跑來(lái)是想要拜托新一找一位關(guān)系要好但如今不知去向的老奶奶，柯南在不暴露身份的情況下詳細(xì)詢問(wèn)了奶奶離家出走時(shí)的情況，這時(shí)，園子說(shuō)她知道老奶奶的所在，于是，一行人來(lái)到了社樂(lè)紀(jì)念館，遺憾的是柯南等人趕到時(shí)，老奶奶已再次離去，他們能找到老奶奶嗎？

聽(tīng)到自己將要被分派到鳥(niǎo)取縣警局進(jìn)行聯(lián)合搜查時(shí)，高木警官慌了手腳，然而，佐藤警官得知此事后竟然面不改色，與此同時(shí)，柯南等人在上學(xué)的路上遇到了一個(gè)神色匆匆的人，命案發(fā)生以后，這個(gè)人就成了重要嫌疑人，但讓大家沒(méi)想到的是千葉警官和這個(gè)叫加藤的嫌疑犯居然住在一起，千葉警官作證案發(fā)當(dāng)時(shí)，加藤正與他一起看電視，難道兇手另有其人？

笹本安太郎和神尾總是遭到大學(xué)時(shí)期同在推理研究會(huì)的日影的襲擊，因?yàn)閷?shí)在無(wú)法忍受這種恐懼，在笹本的提議下他們找到了小五郎，神尾說(shuō)日影曾寄給他一份小說(shuō)的原稿，而里面的內(nèi)容完全是如何殺人，而且他們的另一位同伴就死于小說(shuō)中的手法，調(diào)查期間，神尾遭到炸彈襲擊， 笹本則差點(diǎn)被車撞傷，就在警察將注意力都放在搜索日影時(shí)，柯南卻認(rèn)為兇手另有其人。

當(dāng)阿笠博士滿懷期待得走向那位女性時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)這個(gè)人竟然是男扮女裝而且還是自己的舊識(shí)，再次認(rèn)錯(cuò)人不禁讓這群孩子們大失所望，于是大家決定利用動(dòng)物園的廣播站尋人，可依舊沒(méi)有回應(yīng)，難道博士又要與自己的初戀情人擦肩而過(guò)？這時(shí)，博士的回憶隱約浮現(xiàn)，柯南根據(jù)博士的說(shuō)辭，破解暗號(hào)，來(lái)到了相約之地……

少年偵探隊(duì)按照暗號(hào)分別找到了剩下的兩個(gè)時(shí)光保存罐，卻發(fā)現(xiàn)在此之前有人曾將它們挖出來(lái)過(guò)而且最后一個(gè)發(fā)現(xiàn)的時(shí)光保存罐里面竟然有一封信，將所有的字條擺在一起，真相也愈發(fā)明晰，柯南在阿笠博士的幫助下揭露了真兇，沒(méi)想到事情的癥結(jié)可以追溯的十五年前……