應(yīng)出版社要求小五郎和知名占星師紫條麗華在她的豪宅進(jìn)行談話節(jié)目的錄制，期間，女演員綠川克拉拉氣沖沖的來找紫條商量事情，簡(jiǎn)單交談后，紫條便一人回房工作，直到下午吃晚飯的時(shí)候也沒有見她露面，預(yù)感到有事情發(fā)生的柯南跑到陽臺(tái)發(fā)現(xiàn)紫條已經(jīng)死在了房間里，大家從被打破的天窗進(jìn)入房內(nèi)，這起密室謀殺案的兇手到底是誰？

根據(jù)紙飛機(jī)上的圖案，柯南和沖矢幾乎在同一時(shí)間明白這是急救用的摩斯密碼，而投紙飛機(jī)的人想傳達(dá)的則是緊急求救的信息，之后，小蘭將其他兩只紙飛機(jī)發(fā)到新一的手機(jī)上，將這三個(gè)帶有暗號(hào)的紙飛機(jī)串聯(lián)在一起，新一推斷出被綁架的人就是電視上成日?qǐng)?bào)道的代田社長以及他所在的地點(diǎn)，得知這些以后，小蘭不顧自己的安危沖進(jìn)了綁匪的據(jù)點(diǎn)。

柯南回家后小蘭就告訴他，自從放寒假瑛祐就失去了聯(lián)系，而在此之前小蘭從他那里聽說，他好像在杯戶中央醫(yī)院找姐姐的時(shí)候發(fā)現(xiàn)了關(guān)于自己父親線索，柯南急忙找到茱蒂老師商量對(duì)策，并推斷出他的父親就是被黑暗組織殺掉的CIA諜報(bào)人員，隨后，柯南一行人趕到醫(yī)院向護(hù)士詢問英祐的事情，沒想到竟然還有另一個(gè)人像英祐一樣在這家醫(yī)院打聽水無憐奈的事情。

當(dāng)晚，這名潛入醫(yī)院的黑暗組織同伙南田陸道果然展開了行動(dòng)，但同時(shí)FBI也暴露了行動(dòng)，南田陸道在驅(qū)車逃跑的過程中舉槍自盡，雖然柯南破壞了他的手機(jī)但他還是通過其他手段將搜集來的信息傳給了組織。既然事情發(fā)展到這種地步，轉(zhuǎn)院無疑就是在向黑暗組織昭示水無憐奈就在這里，所以只能另想對(duì)策。另一方面，英祐伺機(jī)潛入了水無憐奈的病房，并發(fā)現(xiàn)她早已從昏迷中蘇醒。

簡(jiǎn)單問過案情之后，小五郎隨警方來到案發(fā)的二樓進(jìn)行查看，根據(jù)死者頭部的槍傷，推斷出兇手的身高應(yīng)該在在180cm左右，雖然船本先生有嫌疑但卻低于死者，種種推斷都否決了船本殺人的可能，然而，柯南卻在他輪椅上發(fā)現(xiàn)了蔥，沒錯(cuò)，兇手就是他，可是他到底是如何犯案？消失的珍珠項(xiàng)鏈又被如何處理了？