小五郎、柯南、小蘭和白鳥一行人應本城之邀，前來參加葡萄酒協會會長廣瀨的70歲壽宴。宴會開始前，柯南和小蘭兩人遇到了發生爭執的本城和赤丸，并且在搭乘纜車的時候，柯南還目睹了本城殺害赤丸的場景，于是，他迅速趕往現場，卻發現尸體早已被本城轉移。然而，品酒環節的一個紕漏，讓柯南推斷出了事情的真相，他巧妙用計將本城的罪行公之于眾。

警察在案發現場發現了一個筆記本，上面以流動日記的形式寫著這四名死者害死甲斐先生的秘密，根據這個筆記本，大和警官推測兇手就是因為內疚而動手殺人的繁次。但是還有疑點并未解開，于是，柯南和服部兩人再次來到了綾華的死亡現場，并從一名警察那里聽到了關鍵的線索，兇手就是……

根據紙飛機上的圖案，柯南和沖矢幾乎在同一時間明白這是急救用的摩斯密碼，而投紙飛機的人想傳達的則是緊急求救的信息，之后，小蘭將其他兩只紙飛機發到新一的手機上，將這三個帶有暗號的紙飛機串聯在一起，新一推斷出被綁架的人就是電視上成日報道的代田社長以及他所在的地點，得知這些以后，小蘭不顧自己的安危沖進了綁匪的據點。

本堂瑛佑再次造訪毛利事務所，就在大家聚在一起討論許久未露面的歌手板垣時，來了一對父子，孩子說他曾在一座大橋上目擊到頭發像鋸子一般的板垣的尸體，還看到處理尸體的人身上有釘子紋身并且在他們的周圍還有錘子形狀的物體，小五郎認為這不過是小孩子撒謊的把戲，然而本堂通過摸他脖子上的脈搏判斷真假，這一幕讓柯南想起的水無，不禁開始懷疑本堂。之后，為了找尋更多線索，大家決定尋找這個小目擊者所說的大橋。

小五郎載柯南和小蘭去泡溫泉的時候，目暮警官突然打來電話，說他們租來的這輛車子上被人安裝的炸彈而且時速必須保持在20公里以上，否則就會引起爆炸，面對這種突發狀況，小五郎只能繼續開車等待警察前來救援，但是即使打破玻璃救走小蘭和柯南，卻依舊無法保證小五郎的安全，如何讓車子在保持時速的情況下停止？犯人到底與小五郎又有何恩怨？