經(jīng)過(guò)小五郎和警察和志的勘查，推斷出由美并非自殺而是他殺，小五郎也下定決心要為由美報(bào)仇親手揪出犯人，并將目標(biāo)鎖定在阿淳、和志、行雄和紀(jì)子剩下的朋友中，這時(shí)，阿淳說(shuō)自己曾在五點(diǎn)的時(shí)候看到過(guò)由美，案件出現(xiàn)了矛盾，死于下午三點(diǎn)的由美怎會(huì)在五點(diǎn)的時(shí)候出現(xiàn)，這到底是鬼魂還是兇手為了蒙蔽大家采取的手段？

少年偵探團(tuán)在海灘度假的時(shí)候，偶然認(rèn)識(shí)了春日財(cái)團(tuán)的大少爺和他的女朋友小忍。元太玩球時(shí)撿到了小忍發(fā)出的SOS求救漂流瓶，順著漂流瓶的方向，他們?cè)谝粋€(gè)洞窟找到小忍，原來(lái)這都是春日的安排，眼看海水滿潮，無(wú)法原路返回，大家在柯南的指揮下順利從洞穴另一邊逃出，看到小忍還活著，春日露出丑惡嘴臉以步美為人質(zhì)，關(guān)鍵時(shí)候小蘭趕來(lái)，將春日制服。

柯南和伙伴們?nèi)ッ佬g(shù)館時(shí)撿到了一張畫(huà)有奇怪符號(hào)的紙，大家自行成立少年偵探團(tuán)去調(diào)查這些暗號(hào)，按照符號(hào)的指示先到達(dá)東京塔，在周?chē)归_(kāi)偵查卻一無(wú)所獲，休息的時(shí)候步美的新發(fā)現(xiàn)為柯南找到破解暗號(hào)的出口，大家一路尋找從東京鐵塔到南部水族館的標(biāo)記，然而，事情并非那樣順利，柯南能破解暗號(hào)嗎？暗中跟蹤少年偵探團(tuán)的黑衣人又是誰(shuí)？

這時(shí)，二樓傳來(lái)老師們的慘叫，柯南和小蘭跑上去發(fā)現(xiàn)下田被人勒死，柯南立即開(kāi)始找兇器，但并未找到，唯一能確定的是，兇手就在中村、米原和坂井之間，接下來(lái)的搜尋中，柯南在下田脖子上發(fā)現(xiàn)了頭發(fā)，兇手就是那個(gè)人！可是該通過(guò)誰(shuí)之口揭穿兇手呢，園子昏睡不了解案情，正值苦惱之時(shí)，他想到以工藤的的身份讓小蘭用便攜電話說(shuō)出真相，而小蘭卻在得知真相后痛哭不已。

柯南要陪步美拔牙時(shí)，被葉子醫(yī)生婉拒。而當(dāng)晚七點(diǎn)半不動(dòng)產(chǎn)老板中本被殺，發(fā)現(xiàn)尸體的人就是葉子和管理員，雖然葉子有殺人的動(dòng)機(jī)，但由于步美的證詞，葉子有不在場(chǎng)的證明，因?yàn)樗菚r(shí)正在陪步美看七點(diǎn)半開(kāi)始的假面超人。柯南一人在葉子家附近調(diào)查，看到葉子家和診所一樣的窗簾，柯南便知道了葉子的手法，并且那副假面超人的撲克也成了重要的證據(jù)。