小蘭、園子和世良三人在上學(xué)途中發(fā)現(xiàn)了路旁的遺體，遺體的旁邊留下了用血寫下的“死”字，這就和十年前工藤優(yōu)作唯一沒有揭穿犯人的事件幾乎一樣，為了調(diào)查這兩期案件的共同點(diǎn)，他們打電話給高木警官，但參與十年前案件的目暮警官看過遺體后卻以竊盜事件定性，回憶著十年前的一幕幕柯南依舊沒有明白自己父親的用意。

乍看之下發(fā)生在眼前的命案無疑是自殺事件，但諸多的疑點(diǎn)讓柯南和平次沿著他殺的方向調(diào)查，在詢問過有嫌疑的三人后柯南和平次有了初步的判斷，但現(xiàn)在還不清楚的是辦案的手法。毛利小五郎的調(diào)侃讓柯南和平次靈機(jī)一動，在三名嫌疑人到達(dá)現(xiàn)場后服部利用平板電腦還原了命案的經(jīng)過。

經(jīng)過調(diào)查警方并未在拉面里發(fā)現(xiàn)毒物反應(yīng)，反而在被害者的衣服內(nèi)側(cè)以及他隨身攜帶的物品中發(fā)現(xiàn)毒物，據(jù)拉面店老板說這也可能是西津打算逼走他們而準(zhǔn)備放在拉面里的毒藥，不想?yún)s害死自己的意外事故，這種說法得到了目暮警官的認(rèn)可，就在他準(zhǔn)備以自殺或意外結(jié)案的時(shí)候，暗中觀察而看透真相的柯南將小五郎麻醉道出真相。

柯南用收據(jù)做出的特殊暗號被貓咪帶去保羅咖啡廳的時(shí)候被風(fēng)吹走了，在冷柜的他們情況很不樂觀，不能坐以待斃的他們又更改了送往阿笠博士家蛋糕的收獲地址，察覺到異樣的昴先生郵寄手機(jī)給貨柜里的柯南，但這一手法卻被犯人發(fā)現(xiàn)了。讓柯南沒有想到的是，前來解救他們的竟然是看到特殊暗號收據(jù)的波本。

巧克力甜點(diǎn)師辻元先生在世界大賽上獲獎的巧克力讓小蘭和園子非常期待，而辻元和他的美女店鋪設(shè)計(jì)師真悠子小姐的浪漫愛情也讓很多人憧憬。鈴木財(cái)團(tuán)的協(xié)助讓辻元的店鋪將在明天開業(yè)，而園子和小蘭則是這個店鋪的第一組客人，在辻元展示自己獲獎的作品時(shí)發(fā)生了意外，這并不是一起普通的事故，柯南已經(jīng)看出被烈焰所包裹的巧克力背后的隱情。