在趕來(lái)支援的FBI的幫助下，柯南他們將獨(dú)自駕駛摩托的水無(wú)包圍，然而，馬路上卻出現(xiàn)了一個(gè)撿球的小男孩，為不傷害小孩，水無(wú)出車(chē)禍?zhǔn)軅Ａ硪贿叄穸髟谒疅o(wú)換下的衣物里發(fā)現(xiàn)了粘在鞋底的發(fā)信器和竊聽(tīng)器，便臨時(shí)決定變更目標(biāo)向米花鎮(zhèn)駛?cè)ィ履喜煊X(jué)到他們的行動(dòng)，意識(shí)到小五郎性命堪憂，也匆匆趕往米花鎮(zhèn)，而此時(shí)黑衣組織已經(jīng)瞄準(zhǔn)了小五郎……

小五郎和柯南去拜訪人氣作家梅津修時(shí)，撞見(jiàn)了他的兒子與他發(fā)生爭(zhēng)吵的畫(huà)面，為了避嫌他們就暫時(shí)離開(kāi)，可是到了傍晚，梅津修卻被人毒死家中，他的手中還拿著一個(gè)顛倒的笏，就在他們解謎死亡訊息時(shí)，目暮警官和兩個(gè)關(guān)系人也匆忙趕來(lái)，警方還在死者兒子是的身上搜到了毒藥，本以為一切就此結(jié)束，柯南卻發(fā)現(xiàn)了新的線索，他將小五郎麻醉，說(shuō)出了事情的真相。

少年偵探隊(duì)按照暗號(hào)分別找到了剩下的兩個(gè)時(shí)光保存罐，卻發(fā)現(xiàn)在此之前有人曾將它們挖出來(lái)過(guò)而且最后一個(gè)發(fā)現(xiàn)的時(shí)光保存罐里面竟然有一封信，將所有的字條擺在一起，真相也愈發(fā)明晰，柯南在阿笠博士的幫助下揭露了真兇，沒(méi)想到事情的癥結(jié)可以追溯的十五年前……

女主播水無(wú)憐奈拜托小五郎調(diào)查一件奇怪的事情，她家的門(mén)鈴連續(xù)兩個(gè)月無(wú)故響起，但卻從未發(fā)現(xiàn)有任何人出現(xiàn)在附近的跡象，并且門(mén)口還曾出現(xiàn)過(guò)一瓶安眠藥，更離奇的是隔壁空了半年的房子竟然在某天夜里出現(xiàn)了聲響，聽(tīng)完水無(wú)的描述，柯南在她家門(mén)口的墻上粘了發(fā)信器，企圖竊聽(tīng)門(mén)外的動(dòng)靜，之后，又獨(dú)自來(lái)到隔壁房間調(diào)查并在玻璃門(mén)上發(fā)現(xiàn)了“木、美、和”三個(gè)字。

和葉和小蘭說(shuō)在停電之前與來(lái)電以后，她們所看到的花瓶影子大有不同，在這么的短的時(shí)間內(nèi)，月亮的移動(dòng)速度真會(huì)如此之快？隨后，目暮警官又對(duì)范田當(dāng)時(shí)休息的房間進(jìn)行了調(diào)查卻并未發(fā)現(xiàn)可疑之處，就在他關(guān)上窗戶(hù)準(zhǔn)備離開(kāi)時(shí)，柯南和服部看到窗戶(hù)上反映出的影子，不禁恍然大悟，沒(méi)錯(cuò)，兇手就在這棟房間內(nèi)。