正當(dāng)小蘭她們陷入困境的時(shí)候新一卻打來了電話，小蘭在電話里說明了現(xiàn)場的情況并指出有三個(gè)奇怪的客人借用過便利店的廁所。但是，貨物不見的那天，按規(guī)定只有七川值班。在新一的引導(dǎo)下小蘭確定了犯人的身份，并按照新一的提示找出了犯人。而店長以償還偷盜物品為由留下了陷入困境的犯人。七川也洗清了嫌疑。

少年偵探隊(duì)為幫白鳥警官報(bào)仇，堅(jiān)持留下來和警察一起進(jìn)行破案，根據(jù)歹徒留下來的警告信，警方認(rèn)為炸彈就安在紅色的電車上，可是費(fèi)盡力氣找到的全都是用來混淆視聽的假炸彈，如果找不到炸彈,住在東京區(qū)的1200萬居民都將成為人質(zhì)，柯南再次仔細(xì)琢磨這封警告信，發(fā)現(xiàn)歹徒所指的地方就是東都塔，并且那里也已經(jīng)發(fā)生了一次小型爆炸。高木警官和柯南沖入東都塔，成功將困在電梯的女孩解救，但他們兩人就沒有那么幸運(yùn)了，柯南發(fā)現(xiàn)裝在炸彈上的水銀汞柱已經(jīng)啟動(dòng)！

平次，葉子終于安全到達(dá)小五郎的事務(wù)所，五人在吃飯的時(shí)候說道最近都內(nèi)發(fā)生了連續(xù)發(fā)火事件，現(xiàn)場總會(huì)留下紅色的馬的人偶。次日，柯南等人造訪委托他們的諸角宅邸后亮子也以可能是自己多疑了為由放棄了委托。而在柯南他們監(jiān)視的過程中遇到了風(fēng)水師曾我和亮子的沖突。就在柯南眾人回去之后又再次發(fā)生了火災(zāi)而地點(diǎn)正是亮子的住處。

高木警官和佐藤警官瞞著警局里的同事們，偷偷在熱帶樂園的水世界見面，為了阻撓他們的約會(huì)，警局的同事們暗中搗鬼，安排柯南，光彥等人出現(xiàn)在他們面前，就在這個(gè)時(shí)候，高木警官原本裝有求婚戒指的包居然出現(xiàn)毒品，之后，他意識(shí)到這一定是在搭乘“海地五萬里列車”時(shí)被人調(diào)了包，柯南根據(jù)這個(gè)包包的肩帶判斷出他的主人是個(gè)左撇子，并根據(jù)當(dāng)時(shí)所拍攝的照片和游客所填寫的信息表，將目標(biāo)鎖定在一個(gè)叫高城登的人身上。

某個(gè)星期日，柯南和小五郎在樓下喝咖啡的時(shí)候，從店員阿紫那里聽到了一件奇怪的事情，一位客人用完餐之后將手機(jī)落在了店里，期間，阿紫曾接到過三通電話，最奇怪的就是最后一次，柯南和小五郎查看手機(jī)，發(fā)現(xiàn)這里面所存的號(hào)碼和名字全部都是虛假的，就在二人毫無頭緒的時(shí)候，由美拿著這家店的發(fā)票找到這里，而這些發(fā)票的持有者正是手機(jī)的主人，由美說這個(gè)人已經(jīng)出車禍死亡，為了調(diào)查事情的真相，柯南建議給電訊公司打電話查詢。